PDB-7edk: NMR solution structure of Bt14.12, a novel A-family conotoxin fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7edk

タイトル

NMR solution structure of Bt14.12, a novel A-family conotoxin from Conus betulinus

要素

Conotoxin Bt14.16

キーワード

NEUROPEPTIDE / A-family conotoxins / two disulfide bond / disulfide bridge connectivity "1-4 / 2-3" / neuronal nicotinic acetylcholine receptors (nAChRs)

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Conotoxin Bt14.16

機能・相同性情報

生物種

Conus betulinus (ダイミョウイモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Zhang, H. / Lin, D. / Guo, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of peptide Bt14.12
著者: Zhang, H. / Lin, D. / Guo, C.

履歴

登録	2021年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7edk.cif.gz	104.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7edk.ent.gz	70.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7edk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/7edk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/7edk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nzs-d 2jof-d 6j37-d 6cgx-d 2n07-d 4ttl-d 2ldj-d 7d0z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36413NMR solution structure of Bt14.12, a novel A-family conotoxin from Conus betulinus

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conotoxin Bt14.16

2.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 300	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Conotoxin Bt14.16 分子量: 2197.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus betulinus (ダイミョウイモ) / 参照: UniProt: A0A068B409
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	5	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O / Label: non-labeled_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 20 mM / 構成要素: sodium phosphate / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 20 mM / Label: NMR_buffer / pH: 5.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRFAM-SPARKY	Lee, Tonelli, Markley, et al.	peak picking
NMRFAM-SPARKY	Lee, Tonelli, Markley, et al.	chemical shift assignment
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)