ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | 1.13_2998精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | Adxv | | データ削減 | MOLREP | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2yoq 解像度: 1.381→39.453 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.65 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1713 | 1971 | 4.96 % |
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Rwork | 0.1632 | 37728 | - |
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obs | 0.1636 | 39699 | 98.34 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 82.01 Å2 / Biso mean: 17.6911 Å2 / Biso min: 6.7 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.381→39.453 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1364 | 0 | 16 | 257 | 1637 |
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Biso mean | - | - | 29.29 | 29.85 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 175 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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1.3815-1.416 | 0.208 | 140 | 0.1878 | 2499 | 94 | 1.39-1.43 | 0.1542 | 168 | 0.15 | 2900 | 99 | 1.416-1.4543 | 0.1873 | 148 | 0.1711 | 2649 | 97 | 1.4543-1.4971 | 0.162 | 142 | 0.16 | 2605 | 98 | 1.4971-1.5454 | 0.1659 | 133 | 0.1564 | 2679 | 98 | 1.5454-1.6007 | 0.1888 | 130 | 0.1648 | 2653 | 98 | 1.6007-1.6647 | 0.1902 | 133 | 0.1592 | 2662 | 99 | 1.6647-1.7405 | 0.1948 | 144 | 0.1655 | 2659 | 98 | 1.7405-1.8323 | 0.1893 | 142 | 0.1682 | 2694 | 99 | 1.8323-1.9471 | 0.1752 | 121 | 0.1547 | 2723 | 99 | 1.9471-2.0974 | 0.1833 | 142 | 0.1565 | 2723 | 99 | 2.0974-2.3084 | 0.1436 | 134 | 0.14 | 2715 | 99 | 2.3084-2.6424 | 0.1761 | 150 | 0.1707 | 2764 | 100 | 2.6424-3.3289 | 0.1789 | 144 | 0.1676 | 2803 | 100 |
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