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- PDB-7ecd: Crystal structure of Tam41 from Firmicutes bacterium, complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ecd
タイトルCrystal structure of Tam41 from Firmicutes bacterium, complex with CTP-Mg
要素Phosphatidate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CDP-DAG synthase / phosphatidic acid / cytidine-diphosphate diacylglycerol / Mitochondrial matrix
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidate cytidylyltransferase / phosphatidate cytidylyltransferase activity / CDP-diacylglycerol biosynthetic process / cardiolipin biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial / Phosphatidate cytidylyltransferase, mitochondrial
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Phosphatidate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Firmicutes bacterium CAG:884 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kimura, K. / Kawai, F. / Kubota-Kawai, H. / Watanabe, Y. / Tamura, Y.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H06414 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22227003 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20gm5910026 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101070 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of Tam41 cytidine diphosphate diacylglycerol synthase from a Firmicutes bacterium.
著者: Kimura, K. / Kawai, F. / Kubota-Kawai, H. / Watanabe, Y. / Tomii, K. / Kojima, R. / Hirata, K. / Yamamori, Y. / Endo, T. / Tamura, Y.
履歴
登録2021年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7155
ポリマ－32,0481
非ポリマー6674
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.159, 104.159, 113.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidate cytidylyltransferase


分子量: 32047.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Firmicutes bacterium CAG:884 (バクテリア)
遺伝子: BN804_00706 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: R5MX27, phosphatidate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES ph 7.0, 13-15% (w/v) PEG 6000, 10% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 36822 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Num. unique obs: 5901 / CC1/2: 0.722

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17_3644: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→43.12 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 904 4.83 %
Rwork0.2008 --
obs0.2026 18728 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 32 2 2289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0653141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.469311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.760.41841440.35162962X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.970.27751570.27852924X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.270.31151330.25252987X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.750.26811760.21692948X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.720.22641430.17582983X-RAY DIFFRACTION100
4.72-43.120.18881510.17443020X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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