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- PDB-7eca: Crystal structure of the Keap1 complex with a peptide base on ETG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eca
タイトルCrystal structure of the Keap1 complex with a peptide base on ETGE motif.
要素
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • LEU-ASP-GLU-GLU-THR-GLY-GLU-PHE-LEU-PRO
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Nrf2 / Oxidative stress / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of cellular response to hypoxia / PERK-mediated unfolded protein response / cellular response to carbohydrate stimulus / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of removal of superoxide radicals ...positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of cellular response to hypoxia / PERK-mediated unfolded protein response / cellular response to carbohydrate stimulus / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of removal of superoxide radicals / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / cellular response to laminar fluid shear stress / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / cellular response to fluid shear stress / cellular response to angiotensin / negative regulation of response to oxidative stress / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / regulation of innate immune response / regulation of embryonic development / transcription factor binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of blood coagulation / cellular response to interleukin-4 / cellular response to glucose starvation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / inclusion body / cellular response to copper ion / response to endoplasmic reticulum stress / : / molecular condensate scaffold activity / cell redox homeostasis / regulation of autophagy / transcription coregulator binding / response to ischemia / positive regulation of glucose import / actin filament / protein-DNA complex / adherens junction / positive regulation of neuron projection development / cellular response to hydrogen peroxide / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / disordered domain specific binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to oxidative stress / midbody / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / focal adhesion / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch ...: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.00006351943 Å
データ登録者Cheng, L. / Wang, C.
引用ジャーナル: Life Sci / 年: 2021
タイトル: New insights into the mechanism of Keap1-Nrf2 interaction based on cancer-associated mutations.
著者: Cheng, L. / Wang, H. / Li, S. / Liu, Z. / Wang, C.
履歴
登録2021年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: LEU-ASP-GLU-GLU-THR-GLY-GLU-PHE-LEU-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,82113
ポリマ－39,7642
非ポリマー1,05711
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.814, 102.814, 54.812
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 36850.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: タンパク質・ペプチド LEU-ASP-GLU-GLU-THR-GLY-GLU-PHE-LEU-PRO


分子量: 2914.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q60795
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Lithium Sulfate,Ammonium Sulfate,sodium citrate 5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20.135 Å / Num. obs: 22476 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 20.3899710197 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 1.96
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Num. unique obs: 164132 / CC1/2: 0.994

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
CrysalisPro1.171.40.54aデータ削減
CCP47.0.053データスケーリング
CCP47.0.053位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1x2r

1x2r


解像度: 2.00006351943→20.1349848749 Å / SU ML: 0.237795283374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35299871149 / 位相誤差: 25.3838261616
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235456817831 1147 5.10526550051 %
Rwork0.196822366979 21320 -
obs0.198818141711 22467 99.9466168424 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.6687614344 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00006351943→20.1349848749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2300 0 55 160 2515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002379120852572400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5773137651913273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473419261539342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00395850771617424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.825473150271364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.0910.30547494461450.273893598772657X-RAY DIFFRACTION99.8218738867
2.091-2.20110.2892402960421430.2274109854362643X-RAY DIFFRACTION99.9641191245
2.2011-2.33880.3022365909061240.2410544941092653X-RAY DIFFRACTION99.9280316661
2.3388-2.51910.2946799726781310.2229791234442674X-RAY DIFFRACTION99.9643620813
2.5191-2.7720.2716085925911570.2153108903282644X-RAY DIFFRACTION100
2.772-3.17180.2441185882031460.1968067796262647X-RAY DIFFRACTION100
3.1718-3.9910.1945233823761510.161425567062674X-RAY DIFFRACTION100
3.991-6.640.1808859169741500.1671297174922728X-RAY DIFFRACTION99.9305555556

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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