PDB-7ec9: Structure of the Thermotoga maritima Family 5 endo-glucanase in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ec9

タイトル

Structure of the Thermotoga maritima Family 5 endo-glucanase in complex with 1-deoxynojiromycin

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / Family 5 Glycosyl hydrolase / Inhibitor complex / TIM-barrel fold / beta-glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Manoj, N. / Garg, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Structure of an iminosugar complex of a glycoside hydrolase family 5 lichenase provides insights into the active site.
著者: Garg, P. / Manoj, N.

履歴

登録	2021年3月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ec9.cif.gz	407 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ec9.ent.gz	335.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ec9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ec9_validation.pdf.gz	1010 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ec9_full_validation.pdf.gz	1010.1 KB	表示
XML形式データ	7ec9_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	7ec9_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ec9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ec9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vjzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w0k-2 7ec9-2 6b4c-2 1hjs-1 4isa-d 1hjs-4 3w0k-1 4okm-4 7fhz-d 6b4c-12 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

82.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.330, 62.280, 202.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endoglucanase 分子量: 40815.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1752 / プラスミド: pMH4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X274
#2: 化合物	ChemComp-NOJ / 1-DEOXYNOJIRIMYCIN / MORANOLINE / 1-デオキシノジリマイシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 898 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.8-6.2), 8-14% (v/v) isopropanol, 8-16% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月14日 / 詳細: Mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→42.72 Å / Num. obs: 69266 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.91 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 24.7 / Num. measured all: 496396 / Scaling rejects: 703

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.84	3.5	0.181	10697	3019	0.964	0.111	0.213	6.1	71.5
9-42.72	12.4	0.041	8619	694	0.999	0.012	0.042	51.8	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PHENIX	1.11.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VJZ

1vjz

解像度: 1.8→39.306 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1681	2104	3.04 %
R_work	0.1409	67032	-
obs	0.1417	69136	94.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.07 Å² / B_iso mean: 17.7993 Å² / B_iso min: 6.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→39.306 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5384	0	72	898	6354
B_iso mean	-	-	20.95	26.67	-
残基数	-	-	-	-	646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	7631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	782
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	966
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.528	3232

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8-1.8419	0.2646	107	0.1743	3287	71
1.8419-1.888	0.1785	123	0.1567	3760	81
1.888-1.939	0.2082	123	0.1713	4035	87
1.939-1.9961	0.1812	141	0.147	4231	91
1.9961-2.0605	0.2074	110	0.14	4459	95
2.0605-2.1341	0.1985	165	0.1354	4543	98
2.1341-2.2196	0.1939	151	0.1415	4605	99
2.2196-2.3206	0.1834	139	0.1472	4661	100
2.3206-2.4429	0.1761	149	0.1315	4699	100
2.4429-2.5959	0.1501	157	0.1347	4698	100
2.5959-2.7963	0.179	143	0.1386	4714	100
2.7963-3.0776	0.1665	150	0.1404	4735	100
3.0776-3.5227	0.1595	141	0.1415	4766	100
3.5227-4.4373	0.1392	128	0.1253	4846	100
4.4373-39.306	0.1399	177	0.1488	4993	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.461	0.2649	-0.1263	0.5354	-0.2483	1.2309	0.0178	-0.0123	0.0322	0.102	-0.0443	-0.1078	-0.0596	0.135	0.0302	0.1127	-0.0219	-0.0175	0.0932	0.0017	0.1186	14.7107	12.1017	23.2414
2	1.0673	0.0254	0.039	0.2195	-0.0131	0.8732	0.0433	-0.1456	-0.0445	0.101	-0.0507	-0.0607	0.0079	-0.0056	0.0048	0.1387	-0.0257	-0.0028	0.0831	-0.005	0.096	3.7493	5.1306	32.1817
3	0.8249	0.6496	0.3697	1.1101	0.249	0.6722	0.1004	-0.1401	0.1356	0.2195	0.0012	0.1301	-0.0924	-0.0684	-0.0707	0.1735	-0.0133	0.0443	0.1057	-0.0284	0.1229	-2.0449	12.1582	33.4553
4	0.8544	0.107	0.2145	0.8233	-0.0903	1.1674	0.0127	0.0227	-0.0737	0.0229	-0.0251	0.0535	0.1775	-0.1453	0.0309	0.0879	-0.0222	-0.0011	0.081	0.014	0.1099	-3.7766	0.6368	12.1298
5	1.0691	-0.3071	-0.2265	1.1333	-0.1759	1.0639	0.0299	0.0761	0.0411	0.0439	0.0113	0.0639	-0.0534	-0.1277	-0.0388	0.0741	-0.0036	0.0007	0.0783	0.0034	0.0883	-4.5959	10.339	9.3664
6	0.8016	0.0724	-0.3141	0.5546	-0.0424	0.8582	-0.0233	0.1188	0.0273	-0.0598	-0.009	0.0101	-0.0071	0.0424	0.0292	0.086	-0.0152	-0.003	0.0919	0.0053	0.0912	11.8933	10.5036	4.3778
7	0.7439	0.0393	-0.111	0.5026	0.0093	1.1577	0.0169	-0.0671	-0.1014	-0.0028	-0.0064	0.0114	0.127	-0.0605	-0.0074	0.1002	-0.0381	-0.0063	0.1042	0.0072	0.1014	-24.0955	-30.013	26.1413
8	0.6024	0.0535	-0.0375	1.0817	-0.0459	1.0713	-0.0204	0.0262	-0.0274	-0.1161	0.005	0.0666	0.0056	-0.1232	0.0159	0.0929	-0.0181	-0.0195	0.1031	0.0027	0.1011	-24.4122	-21.052	17.6475
9	1.0972	0.5821	0.1605	1.0795	0.2352	1.1951	-0.0214	0.1467	0.1134	-0.0545	0.058	0.1376	-0.1403	-0.1533	-0.0293	0.09	-0.0102	-0.0191	0.1398	0.024	0.1176	-27.5899	-15.2945	16.8369
10	1.0962	0.3431	-0.0449	0.9465	0.0631	0.853	0.0232	-0.0198	0.0885	0.0748	-0.0579	-0.0451	-0.1448	0.1001	0.0449	0.1163	-0.015	0.0151	0.1124	-0.0075	0.1129	-16.9766	-12.3672	37.8961
11	0.986	-0.0894	0.4214	0.523	-0.0254	1.1842	-0.0622	-0.1886	0.1734	0.0062	0.0454	-0.0047	-0.1964	-0.2391	0.022	0.1196	0.0242	0.0025	0.1464	-0.0216	0.1271	-26.1495	-10.9483	37.489
12	0.6826	0.0498	0.0832	0.6013	-0.1569	1.3122	-0.0128	-0.2127	-0.0091	0.108	0.0425	0.0484	0.0033	-0.2584	-0.0307	0.0969	-0.017	0.0025	0.1981	0.014	0.0887	-25.6304	-24.7176	46.7287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 87 )	A	7 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 149 )	A	88 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 150 through 181 )	A	150 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 234 )	A	182 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 235 through 285 )	A	235 - 285
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 286 through 329 )	A	286 - 329
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 7 through 106 )	B	7 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 107 through 149 )	B	107 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 150 through 181 )	B	150 - 181
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 182 through 234 )	B	182 - 234
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 235 through 267 )	B	235 - 267
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 268 through 329 )	B	268 - 329

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