- PDB-7ec6: Crystal structure of SdgB (complexed with peptides) -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 7ec6
タイトル
Crystal structure of SdgB (complexed with peptides)
要素
ASP-SER-ASP
Glycosyl transferase, group 1 family protein
キーワード
TRANSFERASE / Glycosylation
機能・相同性
Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / nucleotide binding / cytoplasm / Glycosyl transferase, group 1 family protein
温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), and 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3,350 incubated with the 2.45 mM 3-mer SD-repeat peptide and 6.14 mM UDP-GlcNAc
解像度: 1.9→29.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.407 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2609
4391
5 %
RANDOM
Rwork
0.2294
-
-
-
obs
0.231
82563
99.24 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK