PDB-7ec0: Crystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ec0

タイトル

Crystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAMT in complex with S-Adenosyl homocysteine and methyl farnesoate

要素

Juvenile hormone acid methyltransferase

キーワード

HORMONE / Juvenile hormone / Methyltransferase / Complex

機能・相同性

Methyl farnesoate / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.494 Å

データ登録者

Guo, P.C. / Zhang, Y.S. / Zhang, L. / Xu, H.Y. / Xia, Q.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for juvenile hormone biosynthesis by the juvenile hormone acid methyltransferase.
著者: Guo, P. / Zhang, Y. / Zhang, L. / Xu, H. / Zhang, H. / Wang, Z. / Jiang, Y. / Molloy, D. / Zhao, P. / Xia, Q.

履歴

登録	2021年3月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ec0.cif.gz	567.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ec0.ent.gz	479.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ec0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ec0_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ec0_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	7ec0_validation.xml.gz	57.2 KB	表示
CIF形式データ	7ec0_validation.cif.gz	74.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ec0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/7ec0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ebsC 7ebxSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q31-d 6i91-d 7ebx-1 5y3a-1 6q34-d 7ec0-3 6i8e-d 6q3d-d 6i8i-d 2b30-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Juvenile hormone acid methyltransferase

D: Juvenile hormone acid methyltransferase

G: Juvenile hormone acid methyltransferase

J: Juvenile hormone acid methyltransferase

M: Juvenile hormone acid methyltransferase

P: Juvenile hormone acid methyltransferase

ヘテロ分子

208 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Juvenile hormone acid methyltransferase

D: Juvenile hormone acid methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.4 kDa, 2 ポリマー
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2

G: Juvenile hormone acid methyltransferase

P: Juvenile hormone acid methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

J: Juvenile hormone acid methyltransferase

M: Juvenile hormone acid methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.459, 101.203, 103.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Juvenile hormone acid methyltransferase 分子量: 34054.812 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-J10 / Methyl farnesoate / (2E,6E)-Methyl 3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoate 分子量: 250.376 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	The sequence is corresponding to the entry of KWMTBOMO04857 in Silkbase, or the entry of ...The sequence is corresponding to the entry of KWMTBOMO04857 in Silkbase, or the entry of BMSK0004751.1 in the SilkDB 3.0. It is consist with the partial sequence of XP_037868953.1 (NCBI number, 16-282aa). The sequence contains tag residues MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQ.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.15M DL-Malic acid pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→72.26 Å / Num. obs: 58792 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 0.9 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.49→2.63 Å / R_merge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 8516 / R_rim(I) all: 0.792 / Χ²: 0.77 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EBX

7ebx

解像度: 2.494→72.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.934 / ESU R Free: 0.353 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2926	3103	5.283 %	RANDOM
R_work	0.2447	55631	-	-
all	0.247	-	-	-
obs	-	58734	99.131 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.599 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.541 Å²	0 Å²	-0.878 Å²
2-	-	-1.112 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.296 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.494→72.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12272	0	220	24	12516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	12768
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.181	0.017	11887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.645	17196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.492	1.583	27607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.067	5	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.575	22.345	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.88	15	2357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.585	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.028	0.02	13977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.022	0.02	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.24	0.2	11680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	5915
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	6071
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.289	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.349	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.895	7.322	5912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.894	7.322	5911
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.225	10.979	7362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.225	10.979	7363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.335	7.469	6856
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.335	7.47	6857
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.381	11.122	9834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.381	11.122	9835
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.631	82.342	13994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.631	82.347	13995

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.494-2.558	0.35	219	0.346	4071	0.346	4343	0.71	0.717	98.7796	0.334
2.558-2.628	0.362	239	0.331	3963	0.333	4244	0.732	0.76	99.0104	0.312
2.628-2.704	0.338	273	0.329	3810	0.329	4116	0.773	0.794	99.1982	0.306
2.704-2.787	0.383	211	0.314	3787	0.318	4038	0.777	0.812	99.0094	0.288
2.787-2.879	0.325	246	0.293	3610	0.295	3879	0.831	0.838	99.4071	0.263
2.879-2.98	0.355	212	0.3	3526	0.303	3767	0.812	0.827	99.2302	0.27
2.98-3.092	0.356	160	0.295	3422	0.297	3607	0.794	0.825	99.3069	0.266
3.092-3.218	0.322	163	0.29	3333	0.292	3521	0.841	0.848	99.29	0.265
3.218-3.361	0.274	139	0.265	3193	0.265	3351	0.887	0.899	99.433	0.246
3.361-3.524	0.317	186	0.262	3011	0.266	3221	0.856	0.884	99.2549	0.248
3.524-3.715	0.312	176	0.248	2877	0.252	3072	0.872	0.901	99.3815	0.242
3.715-3.939	0.281	161	0.229	2713	0.232	2887	0.902	0.921	99.5497	0.23
3.939-4.21	0.286	152	0.225	2563	0.228	2731	0.881	0.914	99.4141	0.23
4.21-4.546	0.246	139	0.195	2378	0.198	2532	0.918	0.937	99.4076	0.211
4.546-4.978	0.243	103	0.201	2224	0.203	2339	0.924	0.936	99.487	0.225
4.978-5.563	0.229	83	0.224	2030	0.224	2122	0.927	0.922	99.5759	0.249
5.563-6.417	0.3	60	0.251	1813	0.253	1881	0.871	0.908	99.5747	0.27
6.417-7.843	0.251	84	0.226	1498	0.227	1587	0.905	0.92	99.6849	0.256
7.843-11.028	0.176	65	0.183	1173	0.182	1254	0.955	0.956	98.7241	0.225
11.028-72.26	0.77	32	0.282	636	0.296	727	0.808	0.925	91.8845	0.349

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