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- PDB-7eby: Crystal structure of D-Succinylase (DSA) from Cupriavidus sp. P4-10-C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eby
タイトルCrystal structure of D-Succinylase (DSA) from Cupriavidus sp. P4-10-C
要素D-succinylase
キーワードHYDROLASE / D-Succinylase / Cupriavidus sp. P4-10-C / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / D-succinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus sp. P4-10-C (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yamasaki, M. / Sumida, Y.
引用ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2021
タイトル: Protein Engineering of d-Succinylase from Cupriavidus sp. for d-Amino Acid Synthesis and the Structural Implications.
著者: Sumida, Y. / Yamasaki, M. / Nishiya, Y. / Kumagai, S. / Yamada, T. / Azuma, M.
履歴
登録2021年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: D-succinylase
B: D-succinylase
C: D-succinylase
D: D-succinylase
E: D-succinylase
F: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)548,18351
ポリマ－544,9296
非ポリマー3,25545
水47,7582651
1
A: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4109
ポリマ－90,8211
非ポリマー5888
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1346
ポリマ－90,8211
非ポリマー3125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4109
ポリマ－90,8211
非ポリマー5888
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,50210
ポリマ－90,8211
非ポリマー6819
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2267
ポリマ－90,8211
非ポリマー4046
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,50210
ポリマ－90,8211
非ポリマー6819
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.586, 92.117, 162.111
Angle α, β, γ (deg.)94.792, 96.312, 104.902
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 16 through 33 or resid 35...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 16 through 33 or resid 35...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 16 through 33 or resid 35...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 16 through 33 or resid 35...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 16 through 33 or resid 35...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 16 through 33 or resid 35...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRASPA1 - 18
d_12ens_1TRPTYRA20 - 80
d_13ens_1GLYALAA82 - 99
d_14ens_1ALAPROA101 - 121
d_15ens_1GLUTRPA123 - 134
d_16ens_1ALAALAA136 - 169
d_17ens_1ALALEUA171 - 255
d_18ens_1ALALEUA257 - 260
d_19ens_1VALPROA262 - 451
d_110ens_1THRSERA453 - 483
d_111ens_1ALAALAA485
d_112ens_1ARGLYSA487 - 489
d_113ens_1LEUPHEA491 - 568
d_114ens_1ASNGLUA570 - 629
d_115ens_1ARGSERA631 - 744
d_116ens_1LYSVALA746 - 748
d_117ens_1ARGILEA750 - 756
d_118ens_1LEUARGA758 - 761
d_21ens_1THRASPB1 - 18
d_22ens_1TRPTYRB20 - 80
d_23ens_1GLYALAB82 - 99
d_24ens_1ALAPROB101 - 121
d_25ens_1GLUTRPB123 - 134
d_26ens_1ALAALAB136 - 169
d_27ens_1ALALEUB171 - 255
d_28ens_1ALALEUB257 - 260
d_29ens_1VALPROB262 - 451
d_210ens_1THRSERB453 - 483
d_211ens_1ALAALAB485
d_212ens_1ARGLYSB487 - 489
d_213ens_1LEUPHEB491 - 568
d_214ens_1ASNGLUB570 - 629
d_215ens_1ARGSERB631 - 744
d_216ens_1LYSVALB746 - 748
d_217ens_1ARGILEB750 - 756
d_218ens_1LEUARGB758 - 761
d_31ens_1THRASPC2 - 19
d_32ens_1TRPTYRC21 - 81
d_33ens_1GLYALAC83 - 100
d_34ens_1ALAPROC102 - 122
d_35ens_1GLUTRPC124 - 135
d_36ens_1ALAALAC137 - 170
d_37ens_1ALALEUC172 - 256
d_38ens_1ALALEUC258 - 261
d_39ens_1VALPROC263 - 452
d_310ens_1THRSERC454 - 484
d_311ens_1ALAALAC486
d_312ens_1ARGLYSC488 - 490
d_313ens_1LEUPHEC492 - 569
d_314ens_1ASNGLUC571 - 630
d_315ens_1ARGSERC632 - 745
d_316ens_1LYSVALC747 - 749
d_317ens_1ARGILEC751 - 757
d_318ens_1LEUARGC759 - 762
d_41ens_1THRASPD2 - 19
d_42ens_1TRPTYRD21 - 81
d_43ens_1GLYALAD83 - 100
d_44ens_1ALAPROD102 - 122
d_45ens_1GLUTRPD124 - 135
d_46ens_1ALAALAD137 - 170
d_47ens_1ALALEUD172 - 256
d_48ens_1ALALEUD258 - 261
d_49ens_1VALPROD263 - 452
d_410ens_1THRSERD454 - 484
d_411ens_1ALAALAD486
d_412ens_1ARGLYSD488 - 490
d_413ens_1LEUPHED492 - 569
d_414ens_1ASNGLUD571 - 630
d_415ens_1ARGSERD632 - 745
d_416ens_1LYSVALD747 - 749
d_417ens_1ARGILED751 - 757
d_418ens_1LEUARGD759 - 762
d_51ens_1THRASPE2 - 19
d_52ens_1TRPTYRE21 - 81
d_53ens_1GLYALAE83 - 100
d_54ens_1ALAPROE102 - 122
d_55ens_1GLUTRPE124 - 135
d_56ens_1ALAALAE137 - 170
d_57ens_1ALALEUE172 - 256
d_58ens_1ALALEUE258 - 261
d_59ens_1VALPROE263 - 452
d_510ens_1THRSERE454 - 484
d_511ens_1ALAALAE486
d_512ens_1ARGLYSE488 - 490
d_513ens_1LEUPHEE492 - 569
d_514ens_1ASNGLUE571 - 630
d_515ens_1ARGSERE632 - 745
d_516ens_1LYSVALE747 - 749
d_517ens_1ARGILEE751 - 757
d_518ens_1LEUARGE759 - 762
d_61ens_1THRASPF1 - 18
d_62ens_1TRPTYRF20 - 80
d_63ens_1GLYALAF82 - 99
d_64ens_1ALAPROF101 - 121
d_65ens_1GLUTRPF123 - 134
d_66ens_1ALAALAF136 - 169
d_67ens_1ALALEUF171 - 255
d_68ens_1ALALEUF257 - 260
d_69ens_1VALPROF262 - 451
d_610ens_1THRSERF453 - 483
d_611ens_1ALAALAF485
d_612ens_1ARGLYSF487 - 489
d_613ens_1LEUPHEF491 - 568
d_614ens_1ASNGLUF570 - 629
d_615ens_1ARGSERF631 - 744
d_616ens_1LYSVALF746 - 748
d_617ens_1ARGILEF750 - 756
d_618ens_1LEUARGF758 - 761

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.996861390973, 0.0180150499848, 0.0770897215065), (0.0493847692801, -0.61956595567, 0.783389539844), (0.0618749686954, 0.784737844473, 0.616731711282)74.7157734297, -71.8430342109, 31.7150644503
2given(0.99921097275, -0.0125355989061, -0.0376867442887), (0.011325969031, 0.999419174238, -0.0321408865983), (0.0380677601196, 0.0316886876642, 0.998772583081)41.4392307914, -23.8119418369, -52.8851433878
3given(-0.999294605836, -0.00765790895454, 0.0367647545421), (0.0335466549587, -0.622057138866, 0.782252860607), (0.0168793568356, 0.78293439854, 0.62187524062)115.775835344, -95.2227152647, -19.410706208
4given(-0.999902109742, -0.0041511304022, 0.0133618505573), (0.0125838514109, -0.684302076108, 0.729090059813), (0.00611699416375, 0.729186832541, 0.684287326809)117.997361396, -48.2456275979, 84.1796656426
5given(0.997976542646, -0.0147301767151, -0.0618533929756), (0.00906897433613, 0.99582524369, -0.0908286173705), (0.0629330917177, 0.0900838827032, 0.993943821372)43.5153634318, 24.7829558112, 54.4279924433

-
要素

#1: タンパク質
D-succinylase


分子量: 90821.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus sp. P4-10-C (バクテリア)
遺伝子: DSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N7KZ58
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG 1500, 20% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 303340 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 21.13 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 15023 / CC1/2: 0.663 / CC star: 0.893 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.602 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DENZOデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HST.pdb

4hst


解像度: 2→47.63 Å / SU ML: 0.2875 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.6881
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 15029 5 %
Rwork0.204 285660 -
obs0.2064 300689 95.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35694 0 204 2651 38549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007537057
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.935550510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05775278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00916689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.150513428
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.46931830285
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.457393779558
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.511174257871
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.442463937978
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.472704511204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.33374810.28439139X-RAY DIFFRACTION92.46
2.02-2.040.32755040.2679569X-RAY DIFFRACTION95.68
2.04-2.070.30244990.25389509X-RAY DIFFRACTION96.06
2.07-2.090.31565050.25319578X-RAY DIFFRACTION95.89
2.09-2.120.33034960.25229434X-RAY DIFFRACTION96.1
2.12-2.150.30265090.24279659X-RAY DIFFRACTION96.13
2.15-2.180.30375000.23939505X-RAY DIFFRACTION96.21
2.18-2.210.30515050.23929600X-RAY DIFFRACTION96.15
2.21-2.250.28615040.22889562X-RAY DIFFRACTION96.03
2.25-2.280.29715040.23249574X-RAY DIFFRACTION96.27
2.28-2.320.29335030.22159569X-RAY DIFFRACTION96.48
2.32-2.370.28485050.21769593X-RAY DIFFRACTION96.43
2.37-2.410.2865030.21679560X-RAY DIFFRACTION96.48
2.41-2.460.30985060.22579615X-RAY DIFFRACTION96.57
2.46-2.510.27315030.21959546X-RAY DIFFRACTION96.54
2.51-2.570.29535090.22199673X-RAY DIFFRACTION96.55
2.57-2.640.29345050.22459597X-RAY DIFFRACTION96.58
2.64-2.710.27635050.21559599X-RAY DIFFRACTION96.67
2.71-2.790.275070.21519623X-RAY DIFFRACTION96.49
2.79-2.880.29995050.21979587X-RAY DIFFRACTION96.52
2.88-2.980.27045060.219627X-RAY DIFFRACTION96.74
2.98-3.10.2545030.20769570X-RAY DIFFRACTION96.34
3.1-3.240.25145020.20839534X-RAY DIFFRACTION95.97
3.24-3.410.23534990.19659490X-RAY DIFFRACTION95.56
3.41-3.630.22734940.19249378X-RAY DIFFRACTION94.5
3.63-3.90.20634980.17579471X-RAY DIFFRACTION95.32
3.9-4.30.19955000.16869487X-RAY DIFFRACTION95.35
4.3-4.920.1774940.14869381X-RAY DIFFRACTION94.14
4.92-6.20.18344970.16659446X-RAY DIFFRACTION95.11
6.2-47.630.18454780.16869185X-RAY DIFFRACTION92.33

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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