PDB-7ebx: Crystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ebx

タイトル

Crystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAMT in complex with S-adenosyl-L-homocysteine.

要素

juvenile hormone acid methyltransferase

キーワード

HORMONE / Juvenile hormone / methyltransferase / Comolex / Insects

機能・相同性

S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Guo, P.C. / Zhang, Y.S. / Zhang, L. / Xu, H.Y. / Xia, Q.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for juvenile hormone biosynthesis by the juvenile hormone acid methyltransferase.
著者: Guo, P. / Zhang, Y. / Zhang, L. / Xu, H. / Zhang, H. / Wang, Z. / Jiang, Y. / Molloy, D. / Zhao, P. / Xia, Q.

履歴

登録	2021年3月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月2日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ebx.cif.gz	112.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ebx.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ebx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ebx_validation.pdf.gz	750.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ebx_full_validation.pdf.gz	753.9 KB	表示
XML形式データ	7ebx_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	7ebx_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ebsSC 7ec0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q3e-d 7ec0-3 6i8e-d 6i91-d 4grc-1 7ec0-1 6q3d-d 6i8j-d 6i8i-d 2b30-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: juvenile hormone acid methyltransferase

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: juvenile hormone acid methyltransferase

ヘテロ分子

A: juvenile hormone acid methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
63.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.155, 102.155, 102.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- HOH

#1: タンパク質	juvenile hormone acid methyltransferase 分子量: 31583.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: BMSK0004751.1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y
配列の詳細	The sequence is corresponding to the entry of KWMTBOMO04857 in Silkbase, or the entry of ...The sequence is corresponding to the entry of KWMTBOMO04857 in Silkbase, or the entry of BMSK0004751.1 in the SilkDB 3.0. It is consist with the partial sequence of XP_037868953.1 (NCBI number, 16-282aa).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.84 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 1M ammonium sulfate, 1% PEG 3350 Temp details: 16

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→45.694 Å / Num. obs: 12618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 42.867
反射シェル	解像度: 2.89→2.95 Å / R_merge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 1.795 / Num. unique obs: 603 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EBS

7ebs

解像度: 2.89→45.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.601 / ESU R Free: 0.366 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2916	645	5.126 %	RANDOM
R_work	0.2505	11937	-	-
all	0.253	-	-	-
obs	-	12582	99.644 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 112.028 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.303 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.303 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.605 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→45.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2126	0	26	6	2158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.18	0.017	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.645	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.489	1.583	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.457	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.045	22.602	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.961	15	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.589	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.038	0.02	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.03	0.02	487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.532	11.972	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.53	11.972	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.532	17.966	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.531	17.962	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.956	12.165	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.974	12.164	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.625	18.121	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.624	18.118	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.356	133.978	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.356	133.968	2436

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.89-2.965	0.378	25	0.411	824	0.41	884	0.673	0.597	96.0407	0.397
2.965-3.046	0.386	34	0.369	852	0.37	886	0.671	0.66	100	0.356
3.046-3.134	0.382	42	0.351	819	0.353	861	0.707	0.745	100	0.331
3.134-3.229	0.341	65	0.33	784	0.331	849	0.819	0.811	100	0.3
3.229-3.335	0.327	48	0.318	754	0.319	802	0.835	0.828	100	0.299
3.335-3.451	0.324	27	0.317	762	0.317	789	0.849	0.828	100	0.296
3.451-3.581	0.348	36	0.291	727	0.293	763	0.816	0.847	100	0.253
3.581-3.726	0.309	51	0.281	689	0.283	740	0.878	0.867	100	0.256
3.726-3.89	0.309	43	0.263	664	0.266	707	0.874	0.905	100	0.232
3.89-4.079	0.262	26	0.243	663	0.243	689	0.9	0.922	100	0.212
4.079-4.298	0.242	42	0.217	616	0.218	658	0.945	0.94	100	0.192
4.298-4.556	0.256	29	0.211	580	0.213	609	0.931	0.942	100	0.191
4.556-4.867	0.216	33	0.196	563	0.197	596	0.939	0.947	100	0.185
4.867-5.252	0.301	23	0.221	502	0.224	525	0.903	0.936	100	0.21
5.252-5.746	0.265	26	0.244	496	0.245	522	0.89	0.93	100	0.234
5.746-6.411	0.404	24	0.27	449	0.277	473	0.868	0.908	100	0.256
6.411-7.379	0.372	25	0.259	394	0.266	419	0.877	0.903	100	0.254
7.379-8.979	0.228	21	0.198	336	0.199	357	0.947	0.957	100	0.205
8.979-12.46	0.213	14	0.158	280	0.161	294	0.977	0.98	100	0.178
12.46-45.694	0.311	11	0.373	183	0.368	199	0.95	0.901	97.4874	0.388

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