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万見
- PDB-7ebs: Crystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ebs
タイトルCrystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAMT from silkworm
要素Juvenile hormone acid methyltransferase
キーワードHORMONE / juvenile hormone / methyltransferase / insects
機能・相同性Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Guo, P.C. / Zhang, Y.S. / Zhang, L. / Xu, H.Y. / Xia, Q.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for juvenile hormone biosynthesis by the juvenile hormone acid methyltransferase.
著者: Guo, P. / Zhang, Y. / Zhang, L. / Xu, H. / Zhang, H. / Wang, Z. / Jiang, Y. / Molloy, D. / Zhao, P. / Xia, Q.
履歴
登録2021年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Juvenile hormone acid methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5831
ポリマ－31,5831
非ポリマー00
水00
1
A: Juvenile hormone acid methyltransferase

A: Juvenile hormone acid methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1662
ポリマ－63,1662
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444-y-1,-x-1,-z-2/31
Buried area1620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.584, 99.584, 70.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 Juvenile hormone acid methyltransferase


分子量: 31583.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: BMSK0004751.1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列の詳細The sequence is corresponding to the entry of KWMTBOMO04857 in Silkbase, or the entry of ...The sequence is corresponding to the entry of KWMTBOMO04857 in Silkbase, or the entry of BMSK0004751.1 in the SilkDB 3.0. It is consist with the partial sequence of XP_037868953.1 (NCBI number, 16-282aa).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 1M ammonium sulfate, 1% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→86.24 Å / Num. obs: 8562 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 30.66
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 506 / Rrim(I) all: 0.711 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→86.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.434 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2812 446 5.2 %RANDOM
Rwork0.2355 ---
obs0.238 8109 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 214.16 Å2 / Biso mean: 103.682 Å2 / Biso min: 64.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å2-0.69 Å2-0 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3---4.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→86.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2140 0 0 0 2140
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0132188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0172028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.6422949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.31.5824712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1525257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73322.683123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22615410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3281513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02480
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 30 -
Rwork-590 -
obs--97.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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