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- PDB-7ebh: Crystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase 2 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ebh
タイトルCrystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase 2 in complex with compound 13
要素[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / PDHK / KINASE INHIBITORS / FRAGMENT SCREENING / PDK1 / PDK2 / PDK3 / PDK4
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-J0F / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Orita, T. / Doi, S. / Iwanaga, T. / Adachi, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-based lead discovery to identify novel inhibitors that target the ATP binding site of pyruvate dehydrogenase kinases.
著者: Akaki, T. / Bessho, Y. / Ito, T. / Fujioka, S. / Ubukata, M. / Mori, G. / Yamanaka, K. / Orita, T. / Doi, S. / Iwanaga, T. / Ikegashira, K. / Hantani, Y. / Nakanishi, I. / Adachi, T.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2127
ポリマ－44,6481
非ポリマー5646
水1,58588
1
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein production and purification refers "Biochemistry 2006, 45, 2, 402-415". i.e. PDB (2btz, 2bu2, 2bu5, 2bu6, 2bu7, and 2bu8) and "J Biol Chem. 2008;283(37):25305-25315". i.e. PDB(3d2r, 2zkj)
  • 90.4 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,42314
ポリマ－89,2952
非ポリマー1,12812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area30110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.347, 109.347, 84.167
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDH kinase 2 / PDKII


分子量: 44647.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase

-
非ポリマー , 5種, 94分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-J0F / 5-bromanyl-2-methyl-6-propyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine


分子量: 254.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12BrN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 50 mM Na acetate pH 5.5, 100 mM magnesium chloride and 8% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→94.7 Å / Num. obs: 40300 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 41.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.96→2.02 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.015 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2943 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.333 / Rrim(I) all: 1.069 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc3_4028精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2btz

2btz


解像度: 1.96→94.7 Å / SU ML: 0.2166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5776
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2023 2044 5.07 %
Rwork0.1987 38237 -
obs0.1988 40281 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→94.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 31 88 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00482858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78613866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.00281066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.010.28071200.27672522X-RAY DIFFRACTION97.17
2.01-2.060.27181480.24782535X-RAY DIFFRACTION98.64
2.06-2.120.24371570.23862496X-RAY DIFFRACTION98.88
2.12-2.180.23731410.23582562X-RAY DIFFRACTION99.01
2.18-2.250.26011480.24952520X-RAY DIFFRACTION99.11
2.25-2.330.26441370.23232569X-RAY DIFFRACTION98.98
2.33-2.420.23661400.21662456X-RAY DIFFRACTION95.62
2.42-2.530.19391280.20272555X-RAY DIFFRACTION99.55
2.53-2.670.2371120.22192597X-RAY DIFFRACTION99.23
2.67-2.830.2291250.23122567X-RAY DIFFRACTION99.45
2.83-3.050.24341200.22952596X-RAY DIFFRACTION99.2
3.05-3.360.18441390.21172536X-RAY DIFFRACTION98.06
3.36-3.840.18871630.18962570X-RAY DIFFRACTION99.82
3.85-4.840.15281330.16292528X-RAY DIFFRACTION97.58
4.84-94.70.2041330.17632628X-RAY DIFFRACTION98.5
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.7495288993 Å / Origin y: 45.6732922148 Å / Origin z: 72.4035994514 Å
111213212223313233
T0.312003104907 Å20.0527451423602 Å2-0.0567404627235 Å2-0.261615785756 Å2-0.01569520172 Å2--0.371561160382 Å2
L2.40051594806 °20.188323494113 °20.389851089509 °2-1.41504961927 °20.0876712180931 °2--1.70131384128 °2
S-0.0525165423557 Å °0.187275212823 Å °-0.0940190307906 Å °0.33736246104 Å °0.00987597066098 Å °-0.309841318643 Å °-0.0371344964933 Å °0.201652963628 Å °0.0104917247333 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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