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- PDB-7eag: Crystal structure of the RAGATH-18 k-turn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eag
タイトルCrystal structure of the RAGATH-18 k-turn
要素RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
キーワードRNA / motif / kink-turn
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens SM101 (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
資金援助 中国, 英国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, China) 中国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structure and folding of four putative kink turns identified in structured RNA species in a test of structural prediction rules.
著者: Huang, L. / Liao, X. / Li, M. / Wang, J. / Peng, X. / Wilson, T.J. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2021年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
A: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9466
ポリマ－36,9466
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.769, 74.908, 136.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "C"
d_2ens_1chain "D"
d_3ens_1chain "E"
d_4ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-ID
d_11ens_1GCA
d_21ens_1GCB
d_31ens_1GCE
d_41ens_1GCF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999959826119, 0.00110777170262, -0.00889488559551), (-0.00885587314596, -0.275481920786, 0.961265460126), (-0.00138551749359, 0.96130561434, 0.275480663894)31.8817749134, 0.075637973885, 0.0491836623137
2given(-0.00602047805206, -0.30272940873, -0.953057531807), (-0.00491105511014, -0.953054359683, 0.302759424341), (-0.999969817235, 0.00650327453114, 0.00425112204516)31.3932336651, -0.0649367647362, 52.1631514395
3given(0.0124307368756, -0.824553273741, -0.565647748642), (0.0205876090716, 0.565782592849, -0.824297402629), (0.99971077174, -0.00139871060194, 0.0240086749989)31.036696196, -0.704533957017, 19.6566756183

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*UP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*UP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量: 6157.722 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Clostridium perfringens SM101 (ウェルシュ菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M tri-Sodium Citrate dihydrate pH 5.6, 30 % v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→65.68 Å / Num. obs: 12955 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(I): 0.3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 90.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 637 / CC1/2: 0.666 / Rpim(I) all: 0.717 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CS1

4cs1


解像度: 2.5→65.68 Å / SU ML: 0.4302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.0669
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 534 4.67 %
Rwork0.2177 10893 -
obs0.2202 11427 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 120.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→65.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2040 0 0 2040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59133556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8971117
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.411143050882
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.992609614896
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.06059745828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.750.37521470.37592642X-RAY DIFFRACTION99.43
2.75-3.150.40591250.3442698X-RAY DIFFRACTION99.02
3.15-3.970.29061230.25942724X-RAY DIFFRACTION99.37
3.97-65.680.24271390.16932829X-RAY DIFFRACTION99.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.252204180620.2419088668550.6754201427397.31127386131-5.654974764924.64219667401-0.0809371876414-0.1354590958320.6116357914560.445093400976-0.232134218182-0.5861428574520.560781578736-0.4701713359870.125005934771.14214292788-0.0795809554972-0.07815580125620.486249441234-0.07768393674291.062711341223.781257568512.29664653316.8322874035
26.630139878352.390021974235.209676825637.49107466966-0.369062630586.920888234650.305753695328-2.041018024061.057476411790.978141393278-0.3722767190070.2791673633-0.795730227401-0.134849445299-0.03712479798751.15852863566-0.15987830854-0.03380577593651.52164099792-0.1474421108550.6635403288928.148586479659.7319065475317.4937932729
35.76675193871-0.645611031871.231564522069.825057906053.103859133732.04810917369-0.025771215806-0.0524941894794-0.11988197785-0.953703839291-0.448982587662-0.308176931543-0.4725017521581.028131657960.5327232682771.2360795655-0.0690528607922-0.03367840085971.339408797170.2049767619130.5958602896377.65323561162-1.345803798189.92462151637
46.22719190305-1.342321165290.188629235084.85451604319-5.641751088256.625900966450.838869125234-2.57182435929-0.1131543156391.33955017394-0.334827808061-0.6242304248090.0860584059438-0.33553948421-0.5976971536041.23752750273-0.310552439378-0.1496492176311.69943507790.02076607494920.5066683993768.525779275447.2294154784717.2520199891
56.53986949699-4.440074925874.058324361936.66405745778-2.555986908685.92357952664-0.710402772225-3.703980140881.870022999372.30152164040.907017622268-0.00393286201902-0.701378341755-1.406678414240.6163582726551.25614376737-0.11279568339-0.1524512709040.9597233582-0.7552446084961.807516661419.925924241219.235233140317.904823342
65.560702316754.123476452.696082591924.513800763825.349355455978.794575971170.0947800455256-0.16365894124-0.2960053218960.584834797133-0.591277910572-0.1168399967612.040876790221.30379554140.2802697185991.428136038340.108900216406-0.1699295414770.6253374756520.05986218677841.3311000865428.06984953527.54416566549.51509149177
74.152839140973.678318070531.111208566574.274636430483.293671439034.43473395410.2992639891380.504500029375-0.294356386251-0.3844198546880.00470529364422-0.100947728215-0.461725640197-0.315751567167-0.4960114014780.8101934423730.0198424441831-0.04546885765640.742000208172-0.041581929450.8464788688314.220717039430.0268931599-4.75472421153
85.966417654141.46756940721-0.1860954272478.34085700959-1.279605288445.78226614325-0.1193461887280.0801176080042-2.12864550622-0.4011909852020.039077535349-0.1339596727380.709328392088-0.5902217794810.1287149271550.880825349149-0.0570169945856-0.1086537085390.6238366033-0.02072058211691.0593091240219.476242637428.0540369201-2.69659040587
96.910153896595.54321634012-2.334937522834.5021906192-2.331469309397.67702711783-0.142776235688-0.72469840949-3.303777539231.022492299690.574075919904-2.455480362940.575242351493-0.103609694395-0.5327592180791.375002649820.0994103199844-0.1973766946951.040004093940.227823592851.7616997036926.8146008477-8.9943058005128.7485609002
102.335648949352.44188031874-3.304787919577.08985002373-1.899666583959.22905657739-0.289153915338-1.37900087088-1.896908906130.3719576339890.386643650343-0.9753413619910.776476766258-0.8543071749240.4939932639321.21402501313-0.227773928332-0.1368165857551.498875226740.5343121428041.4568682845515.6309885539-10.499916452429.342002004
113.861190492833.63584179774-1.781305709275.0705279552-0.4391319097363.7993973721-0.166112490666-0.561329530129-0.343249671950.96374875374-0.3337629706691.60652036889-0.940878272598-0.265739153809-0.16096049191.834295958350.05197399934270.2577337697142.198982696650.5347743527681.064345171435.16860037765-4.4213292127540.7910046267
123.933715344273.048720826281.052972990917.15167627876-2.866574160357.689006741561.34393553527-1.83708059437-0.05190470914581.250937965610.004226835603860.4545220312540.425079573122-1.39243400233-0.8909945408412.250280977170.407971517443-0.2557671056381.921349505780.3371041314551.0416071648420.0747957949-3.8173094630247.0320389432
135.786076567115.2982450901-5.794509189854.9854981248-4.897312681616.545186335080.5012027341260.119670138354.13834161872-0.269836132510.2427436545891.014622116760.422643799522-0.867506944549-0.501425575451.781760075720.3572421370510.1307105865711.855913396810.1377671668521.3988051089522.34736155764.1305981088742.9958216
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 10 )CA1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 11 through 19 )CA11 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 1 through 5 )DB1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 6 through 10 )DB6 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 11 through 15 )DB11 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 16 through 19 )DB16 - 19
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1 through 11 )AC1 - 11
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 12 through 19 )BD12 - 19
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 5 )EE1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 6 through 10 )EE6 - 10
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 11 through 15 )EE11 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 16 through 19 )EE16 - 19
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 1 through 5 )FF1 - 5
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 6 through 10 )FF6 - 10
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 11 through 15 )FF11 - 15
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 16 through 19 )FF16 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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