PDB-7ea2: crystal structure of NAP1 FIR in complex with RB1CC1 Claw domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ea2

タイトル

crystal structure of NAP1 FIR in complex with RB1CC1 Claw domain

要素

5-azacytidine-induced protein 2,RB1-inducible coiled-coil protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / FIR / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / dendritic cell differentiation / dendritic cell proliferation / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / serine/threonine protein kinase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Fu, T. / Pan, L.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21672253	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21822705	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	21621002	中国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical advances on the recruitment of the autophagy-initiating ULK and TBK1 complexes by autophagy receptor NDP52.
著者: Fu, T. / Zhang, M. / Zhou, Z. / Wu, P. / Peng, C. / Wang, Y. / Gong, X. / Li, Y. / Wang, Y. / Xu, X. / Li, M. / Shen, L. / Pan, L.

履歴

登録	2021年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ea2.cif.gz	131.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ea2.ent.gz	84.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ea2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/7ea2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/7ea2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ea7C 7eaaC 7czgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1no5-d 3bdw-1 3wam-2 1oh3-d 4c79-d 2ipm-d 1u5d-7 2z4s-d 2wr8-d 7ara-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

B: 5-azacytidine-induced protein 2,RB1-inducible coiled-coil protein 1

A: 5-azacytidine-induced protein 2,RB1-inducible coiled-coil protein 1

ヘテロ分子

28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.620, 67.620, 247.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1719- HOH
2	1	A-1813- HOH

#1: タンパク質	5-azacytidine-induced protein 2,RB1-inducible coiled-coil protein 1 / FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa / FIP200 分子量: 13938.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H6S1, UniProt: Q8TDY2
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 40% PEG300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→247.37 Å / Num. obs: 19420 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 37.4 % / B_iso Wilson estimate: 43.4 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.14→2.2 Å / Num. unique obs: 1384 / CC_1/2: 0.844

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CZG

7czg

解像度: 2.14→58.56 Å / SU ML: 0.2119 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8331

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2323	1023	5.28 %
R_work	0.2009	18337	-
obs	0.2026	19360	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→58.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1777	0	46	66	1889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	1878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8907	2524
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0571	274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3269	1587

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.25	0.2629	142	0.242	2548	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.25-2.39	0.3067	133	0.2239	2516	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.39-2.58	0.2738	159	0.2241	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.58-2.84	0.2643	148	0.227	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.84-3.25	0.226	118	0.2096	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.25-4.09	0.1981	136	0.1871	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.09-58.56	0.2293	187	0.1894	2850	X-RAY DIFFRACTION	99.61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.85528143139	-0.0487527632689	0.0721856049109	7.1935171425	-2.93168146782	3.74339064585	0.171984681717	0.632866912738	0.107639122138	-0.778869064739	-0.0710914569338	-0.713566306501	0.0487779561021	1.00496800055	-0.0398781843788	0.616633469538	0.0142146029947	0.17046439092	0.651770713121	0.086379725418	0.424855068769	-38.681	-14.351	12.707
2	3.23640460184	-3.20388800991	-1.27694668134	5.2314546639	2.16739613784	2.83949725234	-0.190612020582	-0.168261977491	-0.0846231463507	0.377502144817	-0.15189756564	0.353906794984	0.33440321477	0.175759685929	-0.178178635313	0.442742187466	0.0190596044171	-0.00082440424927	0.41376229222	-0.00596288323658	0.41156976127	-27.33	-29.22	5.993
3	2.88347919651	0.111064516787	-0.535616868213	2.81527179889	0.515323858083	2.13318180193	-0.0275141360391	0.112230667798	0.117386027092	-0.426535307781	-0.0253932134506	0.180983093685	-0.294856505041	0.145008359925	0.116938546636	0.436646256121	-0.0304372180909	-0.0146267254344	0.235065801732	0.00811922076258	0.260538474579	-11.659	-19.587	-8.348
4	3.62156429182	0.828808466531	-0.0846483507911	2.04807959992	0.637942236949	3.39912962709	-0.0169756024	-0.112531599366	0.278596034003	-0.0808193829682	-0.190728142425	0.116303252039	-0.42722502117	0.00710856094886	0.146360340204	0.483595927356	0.0266039209046	-0.0461790411602	0.189903846791	0.00991496670588	0.332433535249	-8.664	-17.203	-13.135
5	3.54238113246	1.37182127724	-1.5973217137	1.72482616338	-1.03117478931	6.89484437501	-0.356541579683	-0.778369740393	1.44195564966	-0.0885740508557	0.0622016277854	-1.01924637771	-1.18232182882	1.03913235227	-0.0270098748976	0.601927950144	-0.0839073103929	0.00817251465966	0.374797016528	-0.0579346479008	0.506502228579	-18.548	-17.598	-21.595
6	7.33642477866	-0.223511647693	0.445997743701	3.60819187999	1.0100680184	2.76158210109	0.0848256016229	-0.278811930934	-0.135388409294	0.340175489676	-0.0422865807829	0.256240737869	0.0812800114732	0.0577012243857	-0.00426146727293	0.346748502349	-0.00962283083765	0.0490888383386	0.223702523928	-0.0391430502123	0.384098472804	-8.811	-24.005	-13.581
7	2.7313332111	0.306572163108	1.0154897058	2.1662953524	0.935509824774	2.16093765922	-0.0522170765157	-0.248501039647	1.87308505458	0.135383379909	-0.0191509616414	1.37110451803	-1.58094071997	-0.442384963798	0.0409723612319	0.635878245331	0.137639742926	-0.00641621167515	0.365884421503	-0.0335887700073	0.848092936205	3.461	-11.63	-18.073
8	6.23135081528	0.982977877163	3.17765594036	5.40979307181	-0.443805469872	5.74580656558	-0.452016139219	-0.12963880368	-0.0782475470067	0.0212545702889	0.168405720429	-0.556361311501	-0.415127253289	0.346031486958	0.105699410407	0.360101930916	0.00992312427916	0.0122716037322	0.286322978713	-0.0129633831799	0.363661820172	-9.606	-24.418	-14.663
9	3.03475174534	-1.77264742241	0.137480658125	2.04133046404	-1.29808167813	1.68954095813	0.105199342447	-0.663574509688	0.581665958817	0.492053224027	0.329084184789	0.180784239609	-0.254354818856	-0.524633130555	-0.130609508175	0.590991336787	0.0212468848813	0.111474565381	0.344945547114	-0.0697005318095	0.512674164003	3.091	-23.244	-19.028
10	1.65436984303	0.985146350569	-1.84033880784	0.942565408346	-1.24927211853	2.64171842633	-0.171017930677	0.345781875872	-0.316360910081	-0.579485339436	-0.118377175914	-0.435905937154	0.265213725553	-0.341635650886	0.0100648030619	0.603858017613	-0.00011849560889	-0.0397028995954	0.29018100459	0.0488831972192	0.427300350874	-7.764	-32.286	-4.809
11	1.79199289711	-1.74371837578	-1.17507567481	4.28431127838	0.644328292602	2.48941146745	0.136988153909	-0.0404897727565	0.190790683795	0.00233488808039	-0.11155133524	-0.0706043333209	-0.391144415316	-0.0277660086531	0.0399802954216	0.451880271665	0.0281145427437	0.00402972794041	0.277695205318	-0.0082639829892	0.321022228584	-22.452	-19.641	2.945
12	3.24751671296	0.956620374181	-0.0356633762846	2.5095842572	0.983152573362	4.20364401665	0.229189514994	0.220893681157	0.747108280838	-0.565883995159	-0.176665505921	0.0425327354218	-0.879791489863	-0.260843476121	-0.0672321303003	0.721158288258	0.0966308782073	0.0731711242509	0.326722099664	0.0681149619936	0.41660763286	-24.594	-9.975	6.922
13	5.35022447091	-0.919578508106	0.374108694474	3.31465747945	1.04659500015	3.39213835766	0.545457022562	0.616827355452	0.185388134092	-0.0749514962841	-0.410638951584	-0.255224003722	-0.705558543825	0.0360673251225	-0.0399109206477	0.498067056517	0.0597149986186	0.0445267720139	0.327691257503	0.0880797434384	0.322881186333	-26.544	-17.698	9.104
14	3.8091496149	-1.08758941942	1.04699594015	4.02086589679	1.7201652285	3.16338652418	0.036965143407	0.0462484694352	0.806814856036	-0.330644334373	-0.151257736484	-0.431904665144	-0.819910800797	0.00928552656016	-0.0665621250572	0.626578597976	0.0471925971424	0.0792584421833	0.347626551914	0.116673151338	0.42729400161	-32.556	-10.687	7.678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1475 through 1484 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1485 through 1494 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1495 through 1515 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1516 through 1534 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1535 through 1553 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1554 through 1566 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1567 through 1580 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1581 through 1591 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1475 through 1484 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1485 through 1494 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1495 through 1512 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1513 through 1553 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1554 through 1566 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1567 through 1591 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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