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- PDB-7e9m: Crystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e9m
タイトルCrystal Structure of Spindlin1 bound to SPINDOC Docpep3
要素
  • Peptide from Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein
  • Spindlin-1
キーワードTRANSCRIPTION / Spin/Ssty repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein ADP-ribosylation / gamete generation / site of DNA damage / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization ...regulation of protein ADP-ribosylation / gamete generation / site of DNA damage / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SPIN-DOC-like, zinc-finger / Spin-doc zinc-finger / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhao, F. / Li, H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Molecular basis for SPINDOC-Spindlin1 engagement and its role in transcriptional inhibition
著者: Zhao, F. / Li, H.
履歴
登録2021年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindlin-1
B: Peptide from Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein
C: Spindlin-1
D: Peptide from Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1964
ポリマ－65,1964
非ポリマー00
水1,67593
1
A: Spindlin-1
B: Peptide from Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5982
ポリマ－32,5982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
2
C: Spindlin-1
D: Peptide from Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5982
ポリマ－32,5982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.612, 45.541, 85.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.090, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 52 through 194 or resid 206 through 262))
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNPROPRO(chain A and (resid 52 through 194 or resid 206 through 262))AA52 - 19452 - 194
121PROPROSERSER(chain A and (resid 52 through 194 or resid 206 through 262))AA206 - 262206 - 262
211ASNASNSERSERchain CCC52 - 26252 - 262
112PHEPHEHISHISchain BBB256 - 2811 - 26
212PHEPHEHISHISchain DDD256 - 2811 - 26

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 29644.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Spindlin interactor and repressor of chromatin-binding protein / SPIN1-docking protein / SPIN-DOC


分子量: 2953.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPINDOC, C11orf84 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BUA3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 % / Mosaicity: 0.567 ° / Mosaicity esd: 0.017 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M magnesium acetate, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20960 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 61133
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.542.90.67610010.910.4980.8441.3597.7
2.54-2.5930.66310290.6580.4530.8060.47799.9
2.59-2.6430.63410590.670.4370.7730.43999.7
2.64-2.692.80.59210270.7780.4240.7311.07899.5
2.69-2.752.70.44410330.7970.3240.5520.491100
2.75-2.822.90.43410460.7810.3120.5370.97399.4
2.82-2.893.10.37210490.8890.2510.4510.48799.8
2.89-2.963.10.28510310.8760.1930.3450.51998.9
2.96-3.053.10.21110600.9370.1430.2560.534100
3.05-3.1530.15810340.960.1090.1920.594100
3.15-3.262.90.20410370.9690.1550.2581.4298.8
3.26-3.392.90.11810430.9790.0840.1460.699100
3.39-3.552.80.12410550.9680.090.1541.19799.1
3.55-3.7330.11410670.9730.0790.1391.39799.6
3.73-3.9730.09110180.980.0630.1111.41799.3
3.97-4.273.10.05110740.9940.0350.0621.04699.6
4.27-4.72.80.04510540.9950.0330.0561.24399.4
4.7-5.382.90.04210670.9960.0290.0511.14699.6
5.38-6.782.90.04510740.9960.0310.0551.05599.9
6.78-502.60.03711020.9970.0260.0451.29197.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NS2

2ns2


解像度: 2.5→38.75 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 1017 4.87 %
Rwork0.2036 19864 -
obs0.2061 20881 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.16 Å2 / Biso mean: 43.0809 Å2 / Biso min: 16.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→38.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3593 0 0 93 3686
Biso mean---40.33 -
残基数----448
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1858X-RAY DIFFRACTION11.633TORSIONAL
12C1858X-RAY DIFFRACTION11.633TORSIONAL
21B232X-RAY DIFFRACTION11.633TORSIONAL
22D232X-RAY DIFFRACTION11.633TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.630.32421370.32682726286397
2.63-2.80.32651440.26962833297799
2.8-3.010.26821700.23942790296099
3.01-3.320.2961210.20692862298399
3.32-3.80.26091310.19472864299599
3.8-4.780.21491620.16052857301999
4.78-38.750.22761520.18682932308499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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