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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e9k | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of POMGNT2 in complex with UDP and mono-mannosyl peptide (379Man long peptide) | |||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE / Glycosyltransferase / O-mannose type glycosylation | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() O-linked glycosylation / protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase / protein O-linked mannosylation / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / acetylglucosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation / neuron migration / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Kuwabara, N. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of POMGNT2 provides new insights into the mechanism to determine the functional O-mannosylation site on alpha-dystroglycan. 著者: Imae, R. / Kuwabara, N. / Manya, H. / Tanaka, T. / Tsuyuguchi, M. / Mizuno, M. / Endo, T. / Kato, R. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 571.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 374.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 83.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 116.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABDECF
#1: タンパク質 | 分子量: 61563.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5NDF2, protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2317.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-糖 , 3種, 15分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / #7: 糖 | |
-非ポリマー , 3種, 914分子 ![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-UDP / #6: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.0 or 8.5), 12-16% PEG 8000, 1% tacsimate (pH 7.0) PH範囲: 8.0-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→49.57 Å / Num. obs: 163077 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7958 / CC1/2: 0.761 / Rpim(I) all: 0.6 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: D_1300018733 解像度: 2.05→49.55 Å / SU ML: 0.2494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4566 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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