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万見
- PDB-7e98: Oxy-deoxy intermediate of 400 kDa giant hemoglobin at 21% oxygen ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+98
タイトルOxy-deoxy intermediate of 400 kDa giant hemoglobin at 21% oxygen saturation
要素
  • (Extracellular giant hemoglobin major globin subunit ...) x 3
  • Giant hemoglobin B1b globin chain
キーワードOXYGEN TRANSPORT / allostery / structural change / microspectrometry / crystal processing.
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin, extracellular / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Giant hemoglobin B1b globin chain / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2 / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2 / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1
類似検索 - 構成要素
生物種Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Numoto, N. / Kawano, Y. / Okumura, H. / Baba, S. / Fukumori, Y. / Miki, K. / Ito, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25870200 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K20971 日本
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Coarse snapshots of oxygen-dissociation intermediates of a giant hemoglobin elucidated by determining the oxygen saturation in individual subunits in the crystalline state.
著者: Numoto, N. / Kawano, Y. / Okumura, H. / Baba, S. / Fukumori, Y. / Miki, K. / Ito, N.
履歴
登録2021年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1
B: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2
C: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2
D: Giant hemoglobin B1b globin chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,51713
ポリマ－60,8314
非ポリマー2,6869
水6,089338
1
A: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1
B: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2
C: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2
D: Giant hemoglobin B1b globin chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,10078
ポリマ－364,98424
非ポリマー16,11654
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area92310 Å2
ΔGint-727 kcal/mol
Surface area110120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.245, 112.245, 271.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-343-

HOH

21A-366-

HOH

-
要素

-
Extracellular giant hemoglobin major globin subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1 / Major globin chain b


分子量: 15188.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M419
#2: タンパク質 Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2 / Major globin chain a5


分子量: 15327.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M413
#3: タンパク質 Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2 / Major globin chain c


分子量: 15621.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M418

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 Giant hemoglobin B1b globin chain


分子量: 14693.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: B1Q3G1

-
非ポリマー , 4種, 347分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 11-12 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 10,000, 10 mM CaCl2, 200 mM Tris-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 33753 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5320 / CC1/2: 0.666 / Rsym value: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSdata processing
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZFO

2zfo


解像度: 2.2→47.84 Å / SU ML: 0.2763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5921 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 1686 5 %
Rwork0.1875 32046 -
obs0.1891 33732 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4257 0 186 338 4781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00264556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67436239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.17542611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.31631340.29922567X-RAY DIFFRACTION97.54
2.26-2.340.29081620.27682620X-RAY DIFFRACTION99.64
2.34-2.420.30741350.24562652X-RAY DIFFRACTION99.86
2.42-2.520.27541410.24232625X-RAY DIFFRACTION99.64
2.52-2.630.26811450.22822650X-RAY DIFFRACTION99.89
2.63-2.770.26441080.2082700X-RAY DIFFRACTION99.75
2.77-2.940.23321340.20582656X-RAY DIFFRACTION99.93
2.94-3.170.26481320.20022683X-RAY DIFFRACTION99.96
3.17-3.490.23041570.18562661X-RAY DIFFRACTION99.96
3.49-3.990.19571470.15632692X-RAY DIFFRACTION100
3.99-5.030.16291430.14722715X-RAY DIFFRACTION99.97
5.03-47.840.17821480.16482825X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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