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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7.0E+96 | |||||||||
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タイトル | Oxy-deoxy intermediate of 400 kDa giant hemoglobin at 69% oxygen saturation | |||||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT / allostery / structural change / microspectrometry / crystal processing. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Numoto, N. / Kawano, Y. / Okumura, H. / Baba, S. / Fukumori, Y. / Miki, K. / Ito, N. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2021 タイトル: Coarse snapshots of oxygen-dissociation intermediates of a giant hemoglobin elucidated by determining the oxygen saturation in individual subunits in the crystalline state. 著者: Numoto, N. / Kawano, Y. / Okumura, H. / Baba, S. / Fukumori, Y. / Miki, K. / Ito, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e96.cif.gz | 129.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e96.ent.gz | 97.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e96.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e96_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e96_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7e96_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e96_validation.cif.gz | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e96 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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-要素
-Extracellular giant hemoglobin major globin subunit ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 15188.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M419 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15327.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M413 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15621.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M418 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 D
#4: タンパク質 | 分子量: 14693.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: B1Q3G1 |
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-非ポリマー , 4種, 164分子
#5: 化合物 | ChemComp-HEM / #6: 化合物 | ChemComp-OXY / #7: 化合物 | ChemComp-CA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 11-12 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 10,000, 10 mM CaCl2, 200 mM Tris-HCl pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25540 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 49.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4054 / CC1/2: 0.596 / Rsym value: 1.29 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZS0 解像度: 2.4→47.61 Å / SU ML: 0.3134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.5168 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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