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- PDB-7e8k: Crystal structure of Proteinaceous RNase P (PRORP) from Planctomy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e8k
タイトルCrystal structure of Proteinaceous RNase P (PRORP) from Planctomycetes bacterium GWF2_40_8
要素RNA-free ribonuclease P
キーワードHYDROLASE / proteinaceous RNase P / PRORP / metallonuclease / tRNA 5' maturation / pre-tRNA processing
機能・相同性RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / ligase activity / RNA-free ribonuclease P
機能・相同性情報
生物種Planctomycetes bacterium GWF2_40_8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Li, Y.Y. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870721 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal structures and insights into precursor tRNA 5'-end processing by prokaryotic minimal protein-only RNase P.
著者: Li, Y. / Su, S. / Gao, Y. / Lu, G. / Liu, H. / Chen, X. / Shao, Z. / Zhang, Y. / Shao, Q. / Zhao, X. / Yang, J. / Cao, C. / Lin, J. / Ma, J. / Gan, J.
履歴
登録2021年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-free ribonuclease P
B: RNA-free ribonuclease P
C: RNA-free ribonuclease P
D: RNA-free ribonuclease P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,49820
ポリマ－95,9614
非ポリマー1,53716
水6,413356
1
A: RNA-free ribonuclease P
B: RNA-free ribonuclease P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,84511
ポリマ－47,9802
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
2
C: RNA-free ribonuclease P
D: RNA-free ribonuclease P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6539
ポリマ－47,9802
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.932, 99.932, 176.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 63 or (resid 64...
21(chain B and ((resid 5 and (name N or name...
31(chain C and (resid 5 through 63 or (resid 64...
41(chain D and ((resid 5 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTYRTYR(chain A and (resid 5 through 63 or (resid 64...AA5 - 6310 - 68
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 5 through 63 or (resid 64...AA6469
13LYSLYSMETMET(chain A and (resid 5 through 63 or (resid 64...AA5 - 20310 - 208
21LYSLYSLYSLYS(chain B and ((resid 5 and (name N or name...BB510
22GLYGLYMETMET(chain B and ((resid 5 and (name N or name...BB-2 - 2033 - 208
23GLYGLYMETMET(chain B and ((resid 5 and (name N or name...BB-2 - 2033 - 208
24GLYGLYMETMET(chain B and ((resid 5 and (name N or name...BB-2 - 2033 - 208
25GLYGLYMETMET(chain B and ((resid 5 and (name N or name...BB-2 - 2033 - 208
31LYSLYSTYRTYR(chain C and (resid 5 through 63 or (resid 64...CC5 - 6310 - 68
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 5 through 63 or (resid 64...CC6469
33LYSLYSMETMET(chain C and (resid 5 through 63 or (resid 64...CC5 - 20310 - 208
34LYSLYSMETMET(chain C and (resid 5 through 63 or (resid 64...CC5 - 20310 - 208
35LYSLYSMETMET(chain C and (resid 5 through 63 or (resid 64...CC5 - 20310 - 208
41LYSLYSLYSLYS(chain D and ((resid 5 and (name N or name...DD510
42GLYGLYMETMET(chain D and ((resid 5 and (name N or name...DD-2 - 2033 - 208
43GLYGLYMETMET(chain D and ((resid 5 and (name N or name...DD-2 - 2033 - 208
44GLYGLYMETMET(chain D and ((resid 5 and (name N or name...DD-2 - 2033 - 208
45GLYGLYMETMET(chain D and ((resid 5 and (name N or name...DD-2 - 2033 - 208

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要素

#1: タンパク質
RNA-free ribonuclease P / RNA-free RNase P / Protein-only RNase P


分子量: 23990.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomycetes bacterium GWF2_40_8 (バクテリア)
遺伝子: A2106_02805 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G2XP69, ribonuclease P
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2000mM Ammonium sulfate, 100mM Sodium citrate/Citric acid pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.249→30 Å / Num. obs: 92631 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 27.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.333.80.36186880.6510.1880.410.72492.9
2.33-2.425.10.3792890.7820.1730.410.72499.1
2.42-2.535.70.33992740.8790.1490.3720.77999.6
2.53-2.6760.30593650.920.1290.3330.83599.6
2.67-2.836.30.23492620.9660.0950.2530.99399.4
2.83-3.057.60.19993520.9820.0730.2121.1499.8
3.05-3.368.30.15293390.990.0530.1611.27399.9
3.36-3.858.60.11193640.9940.0380.1181.39699.9
3.85-4.849.90.07893610.9980.0250.0821.12699.9
4.84-309.70.05193370.9990.0170.0540.59899.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7E8J

7e8j


解像度: 2.25→29.363 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.22 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 4034 5.05 %
Rwork0.1899 75777 -
obs0.1912 79811 85.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.53 Å2 / Biso mean: 42.4974 Å2 / Biso min: 18.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→29.363 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6442 0 80 356 6878
Biso mean--110.29 40.18 -
残基数----803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1318905
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571027
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3854499
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3777X-RAY DIFFRACTION17.855TORSIONAL
12B3777X-RAY DIFFRACTION17.855TORSIONAL
13C3777X-RAY DIFFRACTION17.855TORSIONAL
14D3777X-RAY DIFFRACTION17.855TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.27520.2975600.255792730
2.2752-2.3030.266580.2541102434
2.303-2.33210.3058720.2574118339
2.3321-2.36280.3103780.25140847
2.3628-2.39520.2626890.2521159752
2.3952-2.42940.25521010.2554178959
2.4294-2.46560.27631100.2617209269
2.4656-2.50410.30061290.2513246979
2.5041-2.54510.29061660.2529262087
2.5451-2.5890.2881440.2472278692
2.589-2.6360.25081870.2373294196
2.636-2.68670.26891450.2279298398
2.6867-2.74150.2541600.2208303399
2.7415-2.80110.20931770.2067304099
2.8011-2.86620.22041690.2182303299
2.8662-2.93780.25091650.20343098100
2.9378-3.01720.19541600.2033026100
3.0172-3.10580.22921220.20593076100
3.1058-3.2060.26151660.20973083100
3.206-3.32040.22481350.19713080100
3.3204-3.45320.21191450.18133081100
3.4532-3.61010.20881650.17693054100
3.6101-3.80.18971580.16283029100
3.8-4.03750.19331620.15973068100
4.0375-4.34840.16791710.14863075100
4.3484-4.78430.16421600.13893041100
4.7843-5.47270.19951620.15493062100
5.4727-6.88030.21331750.20063031100
6.8803-29.3630.15681430.1639304999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.5118 Å / Origin y: 14.3606 Å / Origin z: 26.3287 Å
111213212223313233
T0.1688 Å20.0025 Å2-0.0094 Å2-0.2934 Å2-0.0121 Å2--0.2251 Å2
L1.3396 °20.0312 °2-0.337 °2--0.0067 °2-0.0115 °2--0.2003 °2
S-0.1666 Å °0.0014 Å °0.0014 Å °0.0088 Å °0.0652 Å °-0.0023 Å °-0.0164 Å °-0.0017 Å °0.0924 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 203
2X-RAY DIFFRACTION1allB-2 - 203
3X-RAY DIFFRACTION1allC5 - 203
4X-RAY DIFFRACTION1allD-2 - 203
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 15
6X-RAY DIFFRACTION1allE16
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 553

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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