[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7e7l: The crystal structure of arylacetate decarboxylase from Olsenella... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e7l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The crystal structure of arylacetate decarboxylase from Olsenella scatoligenes. | ||||||
Components | Hydroxyphenylacetic acid decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / Decarboxylase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Olsenella scatoligenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.53 Å | ||||||
Authors | Lu, Q. / Duan, Y. / Zhang, Y. / Yuchi, Z. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2021 Title: The Glycyl Radical Enzyme Arylacetate Decarboxylase from Olsenella scatoligenes Authors: Lu, Q. / Wei, Y. / Lin, L. / Liu, J. / Duan, Y. / Li, Y. / Zhai, W. / Liu, Y. / Ang, E.L. / Zhao, H. / Yuchi, Z. / Zhang, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7e7l.cif.gz | 297.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7e7l.ent.gz | 232.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7e7l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7e7l_validation.pdf.gz | 878.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7e7l_full_validation.pdf.gz | 918.3 KB | Display | |
Data in XML | 7e7l_validation.xml.gz | 55 KB | Display | |
Data in CIF | 7e7l_validation.cif.gz | 73.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/7e7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/7e7l | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fauS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 92359.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Olsenella scatoligenes (bacteria) / Gene: AUL39_01475 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A100YWM3 #2: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.05 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.1M MES pH 6.0, 0.2M Sodium chloride, 20% w/v PEG 2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 19, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.498→50 Å / Num. obs: 28962 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.239 / Χ2: 0.453 / Net I/σ(I): 2.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FAU Resolution: 3.53→37.591 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 35.67 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.5 Å2 / Biso mean: 53.8351 Å2 / Biso min: 18.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.53→37.591 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|