[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7e65: The crystal structure of peptidoglycan peptidase in complex with ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7.0E+65 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The crystal structure of peptidoglycan peptidase in complex with inhibitor 3 | ||||||
![]() | Peptidase M23 | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
Function / homology | Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Chem-HXO / Peptidase M23![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Choi, Y. / Min, K.J. / Yoon, H.J. / Lee, H.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-based inhibitor design for reshaping bacterial morphology Authors: Choi, Y. / Park, J.S. / Kim, J. / Min, K. / Mahasenan, K. / Kim, C. / Yoon, H.J. / Lim, S. / Cheon, D.H. / Lee, Y. / Ryu, S. / Mobashery, S. / Kim, B.M. / Lee, H.H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 116.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 87.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7e60C ![]() 7e61C ![]() 7e63C ![]() 7e64C ![]() 7e66C ![]() 7e67C ![]() 7e69C ![]() 6jmzS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 20 - 274 / Label seq-ID: 1 - 255
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 28463.752 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H247A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-HXO / ( | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.96 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 and 22% PEG 1,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 14, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.65→70 Å / Num. obs: 15653 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.192 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 191812 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6JMZ Resolution: 2.65→67.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 14.331 / SU ML: 0.306 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.418 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 154.98 Å2 / Biso mean: 45.936 Å2 / Biso min: 12.57 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→67.58 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 14816 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.65→2.718 Å / Rfactor Rfree error: 0
|