PDB-7e5t: Crystal structure of Fsa2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e5t

タイトル

Crystal structure of Fsa2

要素

Diels-Alderase fsa2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cyclase / diels-alderase / diels alder / [4+2] cycloaddition

機能・相同性

: / Diels-Alderase, C-terminal domain / Diels-Alderase N-terminal domain / 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / isomerase activity / ETHANOL / TRIETHYLENE GLYCOL / Diels-Alderase fsa2

機能・相同性情報

生物種

Fusarium sp. (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1697752983 Å

データ登録者

Fujiyama, K. / Kato, N. / Kinugasa, K. / Hino, T. / Takahashi, S. / Nagano, S.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H04665	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H05780	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H04658	日本

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons*.
著者: Fujiyama, K. / Kato, N. / Re, S. / Kinugasa, K. / Watanabe, K. / Takita, R. / Nogawa, T. / Hino, T. / Osada, H. / Sugita, Y. / Takahashi, S. / Nagano, S.

履歴

登録	2021年2月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e5t.cif.gz	734.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e5t.ent.gz	484.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e5t_validation.pdf.gz	526 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e5t_full_validation.pdf.gz	564.2 KB	表示
XML形式データ	7e5t_validation.xml.gz	113.6 KB	表示
CIF形式データ	7e5t_validation.cif.gz	158.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e5uC 7e5vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7e5t-8 7e5t-7 7e5t-3 7e5t-2 7e5t-5 7e5t-4 2p5b-1 5edi-4 7e5t-6 6zfa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Diels-Alderase fsa2

B: Diels-Alderase fsa2

C: Diels-Alderase fsa2

D: Diels-Alderase fsa2

E: Diels-Alderase fsa2

F: Diels-Alderase fsa2

G: Diels-Alderase fsa2

H: Diels-Alderase fsa2

ヘテロ分子

337 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Diels-Alderase fsa2

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Diels-Alderase fsa2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Diels-Alderase fsa2

登録者が定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Diels-Alderase fsa2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Diels-Alderase fsa2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Diels-Alderase fsa2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Diels-Alderase fsa2

登録者が定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Diels-Alderase fsa2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.929, 80.229, 135.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.533, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Diels-Alderase fsa2 / Fusarisetin A biosynthesis protein 2 分子量: 42027.648 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusarium sp. (strain FN080326) (菌類) 遺伝子: fsa2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0E4AYE7, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; -
#2: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 26-29% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.10M Bis-Tris HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16977→45.0444 Å / Num. obs: 141327 / % possible obs: 97.61 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.0333207286 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.48
反射シェル	解像度: 2.17→2.248 Å / Num. unique obs: 13856 / CC_1/2: 0.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
pointless	1.11.6	データスケーリング
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
Coot	0.8.9.2	モデル構築
PHENIX	1.11.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Phm7

解像度: 2.1697752983→45.0443856263 Å / SU ML: 0.274703588188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36056709229 / 位相誤差: 24.075131165
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235222273643	7265	5.16809651856 %
R_work	0.179790258307	133309	-
obs	0.182641334888	140574	97.6269350168 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.2130249912 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1697752983→45.0443856263 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22889	0	50	1226	24165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00445539683493	23500
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.700175980492	31919
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0519235466421	3486
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00412921533801	4160
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.4149645278	13763

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1698-2.1944	0.279172716421	252	0.235341387907	4332	X-RAY DIFFRACTION	97.056955325
2.1944-2.2202	0.316333926337	252	0.237685141686	4405	X-RAY DIFFRACTION	96.8191268191
2.2202-2.2473	0.265600746979	236	0.22190210237	4385	X-RAY DIFFRACTION	97.0390592188
2.2473-2.2758	0.301919861901	187	0.216173304595	4458	X-RAY DIFFRACTION	97.0133667502
2.2758-2.3057	0.276032567214	207	0.217981389854	4416	X-RAY DIFFRACTION	97.3263157895
2.3057-2.3373	0.277519071206	208	0.223050639417	4452	X-RAY DIFFRACTION	97.0631118517
2.3373-2.3707	0.292586420937	234	0.23159003193	4380	X-RAY DIFFRACTION	97.1368421053
2.3707-2.4061	0.301276911496	266	0.223688335431	4349	X-RAY DIFFRACTION	97.2602739726
2.4061-2.4437	0.324391537993	236	0.223131091795	4444	X-RAY DIFFRACTION	97.5406419341
2.4437-2.4837	0.278251127696	215	0.214032026543	4451	X-RAY DIFFRACTION	97.4926870038
2.4837-2.5265	0.276354979691	233	0.208122167963	4436	X-RAY DIFFRACTION	97.6165586452
2.5265-2.5725	0.26009904699	207	0.214163014804	4428	X-RAY DIFFRACTION	97.3330533389
2.5725-2.622	0.273869241424	316	0.204849634124	4345	X-RAY DIFFRACTION	97.3272081854
2.622-2.6755	0.27394317821	244	0.193056282042	4458	X-RAY DIFFRACTION	97.8360382855
2.6755-2.7336	0.266106021805	267	0.187613207877	4386	X-RAY DIFFRACTION	97.9372763629
2.7336-2.7972	0.25847506471	295	0.187974247005	4421	X-RAY DIFFRACTION	98.2295355134
2.7972-2.8672	0.226225649815	241	0.188154265675	4449	X-RAY DIFFRACTION	98.0556136316
2.8672-2.9447	0.265888871896	246	0.193267359747	4469	X-RAY DIFFRACTION	98.0045728539
2.9447-3.0313	0.265152069213	251	0.196824120949	4449	X-RAY DIFFRACTION	98.3263598326
3.0313-3.1291	0.257328657699	265	0.190376581291	4433	X-RAY DIFFRACTION	98.2023411371
3.1291-3.2409	0.247075361827	245	0.178053568198	4449	X-RAY DIFFRACTION	98.2419422352
3.2409-3.3707	0.218078616183	217	0.174704669636	4499	X-RAY DIFFRACTION	97.9642708766
3.3707-3.524	0.232491898982	244	0.178589830056	4464	X-RAY DIFFRACTION	97.35318445
3.524-3.7097	0.234449599998	270	0.174660197335	4399	X-RAY DIFFRACTION	98.0264539156
3.7097-3.942	0.204573684833	273	0.158794780026	4478	X-RAY DIFFRACTION	97.9385693671
3.942-4.2462	0.192340817858	215	0.1456543364	4476	X-RAY DIFFRACTION	97.5057160673
4.2462-4.6731	0.167129663235	208	0.132517389542	4503	X-RAY DIFFRACTION	97.1740924092
4.6731-5.3483	0.188189921339	248	0.141621438187	4505	X-RAY DIFFRACTION	97.7380217972
5.3483-6.7347	0.209974845401	249	0.17303349139	4563	X-RAY DIFFRACTION	98.8496302383
6.7347-45.044	0.193054734934	238	0.169619002955	4627	X-RAY DIFFRACTION	97.5145319703

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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