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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e5s | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S trimer with four-antibody cocktail complex | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Complex / Antibody / VIRUS / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, Y. / Wang, L. / Wang, N. / Feng, R. / Wang, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2021 タイトル: Structure-based development of three- and four-antibody cocktails against SARS-CoV-2 via multiple mechanisms. 著者: Yao Sun / Lei Wang / Rui Feng / Nan Wang / Yuxi Wang / Dandan Zhu / Xiaorui Xing / Peng Yang / Yanjun Zhang / Weimin Li / Xiangxi Wang / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e5s.cif.gz | 910.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e5s.ent.gz | 751.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e5s_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e5s_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7e5s_validation.xml.gz | 138 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e5s_validation.cif.gz | 210.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 5分子 ABCEL
#1: タンパク質 | 分子量: 141437.406 Da / 分子数: 3 / 変異: R682G, R683S, R685S, K986P, V987P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: P0DTC2 #3: タンパク質 | 分子量: 23823.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
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-抗体 , 7種, 14分子 DHIJKTNQSOPUVR
#2: 抗体 | 分子量: 23288.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) #4: 抗体 | 分子量: 13165.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) #5: 抗体 | 分子量: 11622.839 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) #6: 抗体 | 分子量: 11217.353 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) #7: 抗体 | | 分子量: 12050.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) #8: 抗体 | 分子量: 13289.744 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) #9: 抗体 | | 分子量: 23614.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
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-糖 , 1種, 12分子
#10: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Mammalian expression vector BsrGI-MCS-pcDNA3.1 (その他) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133167 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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