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- PDB-7e5m: crystal structure of trans assembled human TROP-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e5m
タイトルcrystal structure of trans assembled human TROP-2
要素Tumor-associated calcium signal transducer 2
キーワードCELL ADHESION / TROP-2 / crystal / sacituzumab / assembly / tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ureteric bud morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of cell motility / regulation of epithelial cell proliferation / response to stimulus / negative regulation of stress fiber assembly ...negative regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ureteric bud morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of cell motility / regulation of epithelial cell proliferation / response to stimulus / negative regulation of stress fiber assembly / lateral plasma membrane / visual perception / basal plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Epithelial cell adhesion molecule N-terminal domain / Transmembrane glycoprotein EPCAM/Trop-2 / : / Epithelial cell adhesion molecule, N-terminal domain / EPCAM/Trop-2, C-terminal / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats.
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor-associated calcium signal transducer 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sun, M. / Zhang, H. / Chai, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. / Tan, S.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the cis and trans assembly of human trophoblast cell surface antigen 2.
著者: Sun, M. / Zhang, H. / Jiang, M. / Chai, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. / Tan, S.
履歴
登録2021年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor-associated calcium signal transducer 2
B: Tumor-associated calcium signal transducer 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6014
ポリマ－53,1592
非ポリマー4422
水00
1
A: Tumor-associated calcium signal transducer 2
ヘテロ分子

B: Tumor-associated calcium signal transducer 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6014
ポリマ－53,1592
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.543, 126.882, 54.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tumor-associated calcium signal transducer 2 / Cell surface glycoprotein Trop-2 / Membrane component chromosome 1 surface marker 1 / Pancreatic ...Cell surface glycoprotein Trop-2 / Membrane component chromosome 1 surface marker 1 / Pancreatic carcinoma marker protein GA733-1


分子量: 26579.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TACSTD2, GA733-1, M1S1, TROP2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09758
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium iodide, 0.1 M MES, pH 6.5, and 25% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→50 Å / Num. obs: 7911 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 8.832
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 7911 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MZV

4mzv


解像度: 3.2→45.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 35.88 / 位相誤差: 31.62 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 418 5.28 %
Rwork0.2392 --
obs0.2483 7911 77.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3662 0 28 0 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6895089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9271423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005678
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.650.2829690.25561628X-RAY DIFFRACTION48
3.65-4.60.27851450.24132655X-RAY DIFFRACTION78
4.6-100.33011880.24473226X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13610.0248-0.15120.0511-0.03760.3446-0.0843-0.07520.04080.0069-0.05380.00720.07360.0036-0.25930.5551-0.0313-0.13590.23720.01510.201518.84176.34128.2825
20.0447-0.00640.05030.011-0.01910.0687-0.0494-0.00570.0565-0.00890.00440.0169-0.053-0.1165-0.15670.571-0.0217-0.18870.25620.01540.244517.36735.7731-6.8608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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