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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e5c | ||||||
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タイトル | Bacterial prolidase mutant D45W/L225Y/H226L/H343I | ||||||
![]() | Xaa-Pro dipeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / prolidase / phosphotriesterase | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoric triester hydrolase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / metalloexopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based redesign of the bacterial prolidase active-site pocket for efficient enhancement of methyl-parathion hydrolysis 著者: Yang, J. / Xiao, Y. / Liu, Y. / Li, R. / Long, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 360 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 293.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 84.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ah8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51724.324 Da / 分子数: 4 / 変異: D45W/L225Y/H226L/H343I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pepQ / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100mM MES (pH6.5), 5% (v/v) PEG 400, 2M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.22→67.45 Å / Num. obs: 111133 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 15.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6AH8 解像度: 2.22→67.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.775 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.01 Å2 / Biso mean: 47.012 Å2 / Biso min: 31.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.22→67.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.22→2.275 Å / Rfactor Rfree error: 0
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