PDB-7e4u: Crystal structure of Peroxiredoxin-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e4u

タイトル

Crystal structure of Peroxiredoxin-1

要素

Peroxiredoxin 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin
類似検索 - 分子機能

生物種

Sparus aurata (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Ahmed, S. / Mok, Y.K. / Jobichen, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Peroxiredoxin-1
著者: Ahmed, S. / Mok, Y.K. / Jobichen, C.

履歴

登録	2021年2月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e4u.cif.gz	343.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e4u.ent.gz	280.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7e4u_validation.pdf.gz	522.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e4u_full_validation.pdf.gz	541.3 KB	表示
XML形式データ	7e4u_validation.xml.gz	61.8 KB	表示
CIF形式データ	7e4u_validation.cif.gz	84.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/7e4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/7e4u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4xcsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xcs-1 7e4u-2 7e4u-4 7e4u-5 7e4u-3 2ozt-d 6yze-d 4xcs-2 5eks-1 2wdt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin 1

B: Peroxiredoxin 1

C: Peroxiredoxin 1

D: Peroxiredoxin 1

E: Peroxiredoxin 1

F: Peroxiredoxin 1

G: Peroxiredoxin 1

H: Peroxiredoxin 1

I: Peroxiredoxin 1

J: Peroxiredoxin 1

ヘテロ分子

221 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxiredoxin 1

B: Peroxiredoxin 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Peroxiredoxin 1

D: Peroxiredoxin 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Peroxiredoxin 1

F: Peroxiredoxin 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Peroxiredoxin 1

H: Peroxiredoxin 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: Peroxiredoxin 1

J: Peroxiredoxin 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	217.452, 60.606, 205.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.230, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	3 - 172
2	1	1	1	B	3 - 172
1	1	2	1	A	3 - 172
2	1	2	1	C	3 - 172
1	1	3	1	A	3 - 173
2	1	3	1	D	3 - 173
1	1	4	1	A	3 - 171
2	1	4	1	E	3 - 171
1	1	5	1	A	3 - 178
2	1	5	1	F	3 - 178
1	1	6	1	A	3 - 170
2	1	6	1	G	3 - 170
1	1	7	1	A	3 - 174
2	1	7	1	H	3 - 174
1	1	8	1	A	3 - 173
2	1	8	1	I	3 - 173
1	1	9	1	A	3 - 173
2	1	9	1	J	3 - 173
1	1	10	1	B	3 - 173
2	1	10	1	C	3 - 173
1	1	11	1	B	3 - 172
2	1	11	1	D	3 - 172
1	1	12	1	B	3 - 171
2	1	12	1	E	3 - 171
1	1	13	1	B	3 - 172
2	1	13	1	F	3 - 172
1	1	14	1	B	3 - 170
2	1	14	1	G	3 - 170
1	1	15	1	B	3 - 172
2	1	15	1	H	3 - 172
1	1	16	1	B	3 - 172
2	1	16	1	I	3 - 172
1	1	17	1	B	3 - 172
2	1	17	1	J	3 - 172
1	1	18	1	C	3 - 172
2	1	18	1	D	3 - 172
1	1	19	1	C	3 - 171
2	1	19	1	E	3 - 171
1	1	20	1	C	3 - 172
2	1	20	1	F	3 - 172
1	1	21	1	C	3 - 170
2	1	21	1	G	3 - 170
1	1	22	1	C	3 - 172
2	1	22	1	H	3 - 172
1	1	23	1	C	3 - 172
2	1	23	1	I	3 - 172
1	1	24	1	C	3 - 172
2	1	24	1	J	3 - 172
1	1	25	1	D	3 - 171
2	1	25	1	E	3 - 171
1	1	26	1	D	3 - 173
2	1	26	1	F	3 - 173
1	1	27	1	D	3 - 170
2	1	27	1	G	3 - 170
1	1	28	1	D	3 - 173
2	1	28	1	H	3 - 173
1	1	29	1	D	3 - 174
2	1	29	1	I	3 - 174
1	1	30	1	D	3 - 174
2	1	30	1	J	3 - 174
1	1	31	1	E	3 - 171
2	1	31	1	F	3 - 171
1	1	32	1	E	3 - 170
2	1	32	1	G	3 - 170
1	1	33	1	E	3 - 171
2	1	33	1	H	3 - 171
1	1	34	1	E	3 - 171
2	1	34	1	I	3 - 171
1	1	35	1	E	3 - 171
2	1	35	1	J	3 - 171
1	1	36	1	F	3 - 170
2	1	36	1	G	3 - 170
1	1	37	1	F	3 - 174
2	1	37	1	H	3 - 174
1	1	38	1	F	3 - 173
2	1	38	1	I	3 - 173
1	1	39	1	F	3 - 173
2	1	39	1	J	3 - 173
1	1	40	1	G	3 - 170
2	1	40	1	H	3 - 170
1	1	41	1	G	3 - 170
2	1	41	1	I	3 - 170
1	1	42	1	G	3 - 170
2	1	42	1	J	3 - 170
1	1	43	1	H	3 - 173
2	1	43	1	I	3 - 173
1	1	44	1	H	3 - 173
2	1	44	1	J	3 - 173
1	1	45	1	I	3 - 174
2	1	45	1	J	3 - 174

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.881153, 0.188251, 0.433741), (0.202253, -0.679109, 0.705624), (0.427392, 0.709488, 0.560324)	81.857941, -11.00019, -17.737261

#1: タンパク質	Peroxiredoxin 1 分子量: 22025.180 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sparus aurata (魚類) / 遺伝子: PRDX1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: G0T332
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14.4% W/V PEG 8000, 0.08 M Sodium cacodylate, 0.16 M Calcium acetate hydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.49 Å / Num. obs: 79576 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.25 / Net I/σ(I): 3.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / R_merge(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 5176

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XCS

4xcs

解像度: 2.6→49.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 11.728 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	965	1.2 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.206	79576	97.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.16 Å² / B_iso mean: 50.86 Å² / B_iso min: 27.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→49.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13429	0	53	248	13730
B_iso mean	-	-	88.84	47.84	-
残基数	-	-	-	-	1722

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	13808
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	12949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.643	18658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.285	1.586	29975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.419	5	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.422	22.238	697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.457	15	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.521	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1338	TIGHT POSITIONAL	0.55	0.15
1	A	1332	TIGHT POSITIONAL	0.55	0.15
1	A	1327	TIGHT POSITIONAL	0.33	0.15
1	A	1332	TIGHT POSITIONAL	0.54	0.15
1	A	1318	TIGHT POSITIONAL	0.52	0.15
1	A	1328	TIGHT POSITIONAL	0.54	0.15
1	A	1314	TIGHT POSITIONAL	0.44	0.15
1	A	1332	TIGHT POSITIONAL	0.57	0.15
1	A	1334	TIGHT POSITIONAL	0.29	0.15
1	A	1327	TIGHT POSITIONAL	0.53	0.15
1	A	1328	TIGHT THERMAL	5.02	1.5
2	A	1334	TIGHT POSITIONAL	0.29	0.15
2	A	1318	TIGHT POSITIONAL	0.3	0.15
2	A	1328	TIGHT POSITIONAL	0.29	0.15
2	A	1314	TIGHT POSITIONAL	0.31	0.15
2	A	1334	TIGHT POSITIONAL	0.36	0.15
2	A	1327	TIGHT POSITIONAL	0.53	0.15
2	A	1340	TIGHT POSITIONAL	0.34	0.15
2	A	1318	TIGHT POSITIONAL	0.29	0.15
2	A	1334	TIGHT POSITIONAL	0.33	0.15
2	A	1325	TIGHT POSITIONAL	0.32	0.15
2	A	1330	TIGHT THERMAL	3.82	1.5
3	A	1345	TIGHT POSITIONAL	0.41	0.15
3	A	1327	TIGHT POSITIONAL	0.54	0.15
3	A	1318	TIGHT POSITIONAL	0.5	0.15
3	A	1323	TIGHT POSITIONAL	0.52	0.15
3	A	1309	TIGHT POSITIONAL	0.43	0.15
3	A	1327	TIGHT POSITIONAL	0.57	0.15
3	A	1318	TIGHT POSITIONAL	0.3	0.15
3	A	1341	TIGHT POSITIONAL	0.36	0.15
3	A	1320	TIGHT POSITIONAL	0.28	0.15
3	A	1340	TIGHT POSITIONAL	0.33	0.15
3	A	1336	TIGHT THERMAL	5.25	1.5
4	A	1318	TIGHT POSITIONAL	0.35	0.15
4	A	1304	TIGHT POSITIONAL	0.31	0.15
4	A	1318	TIGHT POSITIONAL	0.34	0.15
4	A	1320	TIGHT POSITIONAL	0.31	0.15
4	A	1334	TIGHT POSITIONAL	0.32	0.15
4	A	1325	TIGHT POSITIONAL	0.4	0.15
4	A	1323	TIGHT THERMAL	5.58	1.5
5	A	1371	TIGHT THERMAL	3.21	1.5
6	A	1314	TIGHT THERMAL	5.32	1.5
7	A	1337	TIGHT THERMAL	5.98	1.5
8	A	1316	TIGHT THERMAL	9.8	1.5
9	A	1336	TIGHT THERMAL	11.44	1.5
10	B	1338	TIGHT THERMAL	5.58	1.5
11	B	1332	TIGHT THERMAL	5.96	1.5
12	B	1327	TIGHT THERMAL	3.44	1.5
13	B	1332	TIGHT THERMAL	5.24	1.5
14	B	1318	TIGHT THERMAL	5.19	1.5
15	B	1328	TIGHT THERMAL	6.88	1.5
16	B	1314	TIGHT THERMAL	11.49	1.5
17	B	1332	TIGHT THERMAL	13.13	1.5
18	C	1334	TIGHT THERMAL	3.7	1.5
19	C	1327	TIGHT THERMAL	5.87	1.5
20	C	1334	TIGHT THERMAL	3.54	1.5
21	C	1318	TIGHT THERMAL	4.98	1.5
22	C	1328	TIGHT THERMAL	4.65	1.5
23	C	1314	TIGHT THERMAL	8.54	1.5
24	C	1334	TIGHT THERMAL	10.17	1.5
25	D	1327	TIGHT THERMAL	6.12	1.5
26	D	1340	TIGHT THERMAL	5.17	1.5
27	D	1318	TIGHT THERMAL	5.36	1.5
28	D	1334	TIGHT THERMAL	4.44	1.5
29	D	1325	TIGHT THERMAL	8.46	1.5
30	D	1345	TIGHT THERMAL	10.05	1.5
31	E	1327	TIGHT THERMAL	5.68	1.5
32	E	1318	TIGHT THERMAL	5.27	1.5
33	E	1323	TIGHT THERMAL	6.88	1.5
34	E	1309	TIGHT THERMAL	11.44	1.5
35	E	1327	TIGHT THERMAL	12.98	1.5
36	F	1318	TIGHT THERMAL	5.06	1.5
37	F	1341	TIGHT THERMAL	5.74	1.5
38	F	1320	TIGHT THERMAL	9.31	1.5
39	F	1340	TIGHT THERMAL	10.93	1.5
40	G	1318	TIGHT THERMAL	5.69	1.5
41	G	1304	TIGHT THERMAL	8.86	1.5
42	G	1318	TIGHT THERMAL	10.85	1.5
43	H	1320	TIGHT THERMAL	6.91	1.5
44	H	1334	TIGHT THERMAL	7.93	1.5
45	I	1325	TIGHT THERMAL	5.25	1.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	61	-
R_work	0.299	5170	-
all	-	5231	-
obs	-	-	86.14 %

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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