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Yorodumi- PDB-7e4s: Crystal structure of Lactobacillus rhamnosus 4-deoxy-L-threo-5-he... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e4s | ||||||
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Title | Crystal structure of Lactobacillus rhamnosus 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase KduI complexed with HEPES | ||||||
Components | 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate / cupin | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase / 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase activity / pectin catabolic process / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Lactobacillus rhamnosus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.79 Å | ||||||
Authors | Yamamoto, Y. / Takase, R. / Mikami, B. / Hashimoto, W. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: J.Appl.Glyosci. / Year: 2023 Title: Crystal structures of Lacticaseibacillus 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase KduI in complex with substrate analogs Authors: Iwase, H. / Yamamoto, Y. / Yamada, A. / Kawai, K. / Oiki, S. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Takase, R. / Hashimoto, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7e4s.cif.gz | 681.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7e4s.ent.gz | 570.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7e4s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/7e4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/7e4s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7vgkC 1ywkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33331.629 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus rhamnosus (bacteria) / Strain: Lc 705 / Gene: kduI1, kduI, GKD15_03440, LRHP344_00167 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A508YKK7, 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase #2: Chemical | ChemComp-EPE / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M HEPES, 1 mM 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate, 1 mM rhamnose,10% PEG 6000, 25% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.79→47.31 Å / Num. obs: 48121 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 3.16 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.79→2.96 Å / Num. unique obs: 7729 / CC1/2: 0.414 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1YWK Resolution: 2.79→47.31 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.79→47.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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