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- PDB-7e4g: Crystal structure of schizorhodopsin 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e4g
タイトルCrystal structure of schizorhodopsin 4
要素schizorhodopsin 4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / inward proton pump
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Asgard group archaeon (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shihoya, W. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of schizorhodopsin reveals mechanism of inward proton pumping.
著者: Higuchi, A. / Shihoya, W. / Konno, M. / Ikuta, T. / Kandori, H. / Inoue, K. / Nureki, O.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: schizorhodopsin 4
B: schizorhodopsin 4
C: schizorhodopsin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,36648
ポリマ－73,3263
非ポリマー13,03945
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.000, 61.140, 98.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

ZN

21A-306-

SO4

31B-301-

ZN

41A-451-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 schizorhodopsin 4


分子量: 24442.080 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Asgard group archaeon (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A524F8J2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 189分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 20% PEG500DME, 100 mM Na-acetate, pH 4.75, 250 mM MgSO4. and 10 mM ZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.56 Å / Num. obs: 36552 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 26.14 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.3841 / Rpim(I) all: 0.07358 / Rrim(I) all: 0.3922 / Net I/σ(I): 6.81
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 19.2 % / Rmerge(I) obs: 3.282 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 3615 / CC1/2: 0.39 / CC star: 0.749 / Rpim(I) all: 0.7221 / Rrim(I) all: 3.369 / % possible all: 98.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M0K

1m0k


解像度: 2.1→49.56 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1724 4.73 %
Rwork0.2021 34719 -
obs0.2037 36443 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.33 Å2 / Biso mean: 36.6858 Å2 / Biso min: 8.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→49.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4799 0 839 144 5782
Biso mean--59.15 38.16 -
残基数----588
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.160.33841400.29282803294398
2.16-2.230.30621430.25862842298599
2.23-2.310.27081430.24929043047100
2.31-2.40.29691430.231628753018100
2.4-2.510.28071430.211329013044100
2.51-2.650.24521450.207329043049100
2.65-2.810.2431420.188528823024100
2.81-3.030.23411450.185229123057100
3.03-3.330.20511430.189728983041100
3.33-3.820.21331470.181829413088100
3.82-4.810.20081440.173729053049100
4.81-49.560.22941460.20882952309898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2839-0.5504-2.09482.74490.74435.9183-0.2069-0.1988-0.545-0.0047-0.19260.4584-0.0317-0.02940.41120.1362-0.0268-0.02690.20530.00460.3571-26.3202-22.840322.2644
22.68150.6457-1.34622.32710.3526.6207-0.04380.15060.092-0.10750.11990.09480.6301-0.1513-0.11630.12750.0199-0.05170.1669-0.02740.2391-21.0974-15.295219.6269
30.7516-0.20850.4451.0688-0.53197.0732-0.1329-0.00980.25520.1851-0.0919-0.08570.18370.21520.16050.13680.0177-0.0090.21180.02750.222-13.9969-12.3629.712
41.12820.43230.72921.04681.43379.3966-0.0557-0.0239-0.0297-0.0025-0.06630.1875-0.3272-0.28210.20030.1560.00220.02240.18510.00880.2703-8.0189-6.408326.0747
52.0071-0.5385-0.76762.2084-1.03037.94110.29380.170.1955-0.15670.1691-0.0477-0.28310.3598-0.35380.13670.02610.01920.2042-0.00620.2965-0.1631-9.949320.1765
69.47026.25646.10529.42496.70197.488-0.47980.05740.18190.12940.22520.62491.3470.17420.2220.5398-0.0087-0.03830.5467-0.16910.4779-3.5078-18.329944.5873
72.94420.01670.40731.91450.6372.8553-0.059-0.1128-0.17830.11750.0175-0.04660.20580.04410.07870.16110.0289-0.02240.1052-0.02140.2253-11.2919-23.228823.0522
82.9581-1.69010.32593.4948-1.92928.356-0.00240.2804-0.31140.0977-0.0966-0.36240.0480.38010.18210.1195-0.0151-0.03660.20890.00250.35966.49424.535521.536
91.1654-0.4596-0.38813.33431.23258.2548-0.0639-0.1590.15570.261-0.0651-0.25080.27440.36580.02220.1513-0.0283-0.040.18830.04510.3422-0.47272.326827.6932
102.2685-0.0710.41751.42170.23362.19870.06-0.0914-0.0548-0.01020.0077-0.0559-0.04670.0176-0.08440.194-0.0047-0.00850.18140.00740.292-13.334313.436522.2329
113.4516-0.82710.85663.0479-0.81663.0628-0.0942-0.20810.42410.2894-0.0382-0.1226-0.3732-0.08840.0510.1529-0.02580.00290.1773-0.04610.307-1.756917.736124.2555
123.83060.88090.65633.91650.91315.9603-0.0087-0.16210.4736-0.0393-0.11250.0534-0.4126-0.27850.29490.21060.0403-0.00020.1711-0.03050.3168-33.433518.942222.1997
133.42910.73180.36142.459-1.11372.13-0.1304-0.37670.34820.3419-0.24620.0179-0.3278-0.72590.22370.17110.0012-0.02630.2567-0.06570.42-28.522913.797127.7606
142.0854-0.7251-0.43232.4702-0.27745.3115-0.02740.0863-0.03850.03210.0692-0.06760.0894-0.0235-0.10570.148-0.0363-0.01170.1955-0.01270.2355-30.75553.809721.4161
150.4672-0.48640.76561.5157-1.85138.336-0.1198-0.09740.19570.2357-0.0122-0.0782-0.45710.2020.0730.1760.0205-0.02360.2262-0.02910.3431-28.3009-5.090925.9864
162.475-0.5565-0.57192.88971.34615.9130.09640.2231-0.1196-0.15230.1923-0.183-0.0579-0.1716-0.30970.134-0.0312-0.0240.2091-0.01870.3268-35.1732-10.218219.6372
174.3025-0.78350.39897.1921-1.58675.8316-0.1748-1.02270.11621.5199-0.27610.4709-0.8864-0.28360.26530.8239-0.09130.20840.5834-0.14051.0589-43.1231-3.205841.1951
181.8668-0.10830.30281.79720.21472.78350.0711-0.2604-0.3321-0.0223-0.02610.12580.0599-0.1092-0.00010.1448-0.0087-0.00110.22630.03270.3218-42.11310.507119.2965
192.3323-0.58410.31042.8816-0.86972.109-0.1797-0.15740.14680.2666-0.13250.43940.3224-0.10390.09230.10050.03540.00730.2431-0.01280.4204-40.368611.212724.5156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 24 )A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 64 )A25 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 89 )A65 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 90 through 112 )A90 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 137 )A113 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 144 )A138 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 145 through 199 )A145 - 199
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 23 )B1 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 24 through 50 )B24 - 50
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 51 through 137 )B51 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 138 through 199 )B138 - 199
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 24 )C1 - 24
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 25 through 49 )C25 - 49
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 50 through 89 )C50 - 89
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 90 through 112 )C90 - 112
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 113 through 136 )C113 - 136
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 137 through 145 )C137 - 145
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 146 through 172 )C146 - 172
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 173 through 197 )C173 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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