PDB-7e48: Crystal structure of InhA in complex with 3-nitropropanoic acid i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7.0E+48

タイトル

Crystal structure of InhA in complex with 3-nitropropanoic acid inhibitor

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ENOYL-ACP REDUCTASE / FAS-II ENOYL-ACP REDUCTASE / NADH- DEPENDENT 2-TRANS-ENOYL-ACP REDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Songsiriritthigul, C. / Hanwarinroj, C. / Suttipanta, N. / Kamsri, P. / Kittakoop, P. / Pungpo, P.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Inhibition of Mycobacterium tuberculosis InhA by 3-nitropropanoic acid.
著者: Songsiriritthigul, C. / Hanwarinroj, C. / Pakamwong, B. / Srimanote, P. / Suttipanta, N. / Sureram, S. / Suttisintong, K. / Kamsri, P. / Punkvang, A. / Spencer, J. / Kittakoop, P. / Pungpo, P.

履歴

登録	2021年2月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e48.cif.gz	222 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e48.ent.gz	173.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e48_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e48_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7e48_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	7e48_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/7e48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/7e48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r9wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1p44-1 6sqd-1 4dqu-1 1p44-2 4u0j-1 5oim-1 3oew-1 5oic-1 4r9r-d 2ntv-1 6sq7-1 6yuu-1 2aqk-1 5oil-1 6r9w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.390, 96.390, 139.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase 分子量: 28554.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-3NP / 3-NITROPROPANOIC ACID 分子量: 119.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅NO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: Purified protein incubated with NADH and 3NP in 5% (w/v) ethanol, 5% (w/v) MPD, 200mM sodium chloride, 100mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLRI / ビームライン: BL7.2W / 波長: 1.24 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月22日
放射	モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→28.76 Å / Num. obs: 50117 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7302 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
MOSFLM	iMOSFLM	データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R9W

6r9w

解像度: 2.5→28.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 9.034 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.237 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2195	2458	4.907 %
R_work	0.1847	47630	-
all	0.186	-	-
obs	-	50088	99.916 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.882 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.081 Å²	0.041 Å²	0 Å²
2-	-	0.081 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.263 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7953	0	214	369	8536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	8399
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.173	1.637	11442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.095	1.575	18287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.568	21.809	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.82	15	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.598	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9491
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	7767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.084	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.71	3.718	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.71	3.718	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.256	5.576	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.256	5.577	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.701	3.8	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.701	3.8	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.259	5.645	6070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.259	5.646	6071
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.731	44.316	9474
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.696	44.3	9433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.321	160	0.294	3511	X-RAY DIFFRACTION	99.9728
2.565-2.635	0.316	166	0.278	3457	X-RAY DIFFRACTION	99.8622
2.635-2.711	0.288	178	0.257	3325	X-RAY DIFFRACTION	99.9715
2.711-2.795	0.292	180	0.252	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.795-2.886	0.307	172	0.228	3132	X-RAY DIFFRACTION	99.9395
2.886-2.988	0.253	172	0.219	3017	X-RAY DIFFRACTION	99.9687
2.988-3.1	0.266	146	0.204	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
3.1-3.227	0.221	162	0.194	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.37	0.23	151	0.181	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.534	0.212	114	0.19	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.534-3.725	0.201	178	0.172	2403	X-RAY DIFFRACTION	100
3.725-3.95	0.165	102	0.158	2352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.222	0.149	84	0.145	2217	X-RAY DIFFRACTION	100
4.222-4.56	0.191	96	0.138	2065	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-4.993	0.185	100	0.137	1870	X-RAY DIFFRACTION	100
4.993-5.58	0.173	84	0.168	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
5.58-6.439	0.236	85	0.188	1493	X-RAY DIFFRACTION	100
6.439-7.874	0.187	46	0.149	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
7.874-11.086	0.15	55	0.108	975	X-RAY DIFFRACTION	100
11.086-28.763	0.213	27	0.214	517	X-RAY DIFFRACTION	94.6087

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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