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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e3u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Pseudomonas aeruginosa dihydropyrimidinase complexed with 5-AU | ||||||
![]() | D-hydantoinase/dihydropyrimidinase | ||||||
![]() | HYDROLASE / dihydropyrimidinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydropyrimidinase / dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, Y.C. / Luo, R.H. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y. / Lin, E.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular Insights into How the Dimetal Center in Dihydropyrimidinase Can Bind the Thymine Antagonist 5-Aminouracil: A Different Binding Mode from the Anticancer Drug 5-Fluorouracil. 著者: Lin, E.S. / Luo, R.H. / Yang, Y.C. / Huang, C.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 160.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5e5cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52315.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: dht, PA0441 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9I676, dihydropyrimidinase #2: 化合物 | ChemComp-WBU / | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 16%PEG8000, 100mM HEPES pH7.5, 200mM Calcium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.159→30 Å / Num. obs: 64183 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 3.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.159→2.24 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 23.7 / Num. unique obs: 6340 / CC1/2: 0.866 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5E5C 解像度: 2.159→28.012 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.35 Å2 / Biso mean: 36.4665 Å2 / Biso min: 14.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.159→28.012 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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