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万見
- PDB-7e30: Crystal structure of a novel alpha/beta hydrolase in apo form in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+30
タイトルCrystal structure of a novel alpha/beta hydrolase in apo form in complex with citrate
要素alpha/beta hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta dehydrogenase
機能・相同性CITRIC ACID
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Gao, J. / Han, X. / Zheng, Y.Y. / Liu, W.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Multiple Substrate Binding Mode-Guided Engineering of a Thermophilic PET Hydrolase.
著者: Pfaff, L. / Gao, J. / Li, Z. / Jackering, A. / Weber, G. / Mican, J. / Chen, Y. / Dong, W. / Han, X. / Feiler, C.G. / Ao, Y.F. / Badenhorst, C.P.S. / Bednar, D. / Palm, G.J. / Lammers, M. / ...著者: Pfaff, L. / Gao, J. / Li, Z. / Jackering, A. / Weber, G. / Mican, J. / Chen, Y. / Dong, W. / Han, X. / Feiler, C.G. / Ao, Y.F. / Badenhorst, C.P.S. / Bednar, D. / Palm, G.J. / Lammers, M. / Damborsky, J. / Strodel, B. / Liu, W. / Bornscheuer, U.T. / Wei, R.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha/beta hydrolase
B: alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4478
ポリマ－55,7082
非ポリマー7396
水9,998555
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.974, 97.086, 99.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 258 or resid 401))
21(chain B and (resid 1 through 258 or resid 401))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 258 or resid 401))A0
211(chain B and (resid 1 through 258 or resid 401))B0

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要素

#1: タンパク質 alpha/beta hydrolase


分子量: 27853.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % / Mosaicity: 0.353 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: MPD, PEG 1500, NaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→25 Å / Num. obs: 77551 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 384676
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.56-1.623.20.475860.8380.2660.4841.03399.6
1.62-1.683.50.32476860.9110.20.3841.08599.9
1.68-1.764.10.25676910.9410.1440.2951.10399.9
1.76-1.854.80.20376500.9690.1020.2281.184100
1.85-1.975.70.15577090.9850.0710.1711.261100
1.97-2.125.70.1177140.9910.0510.1211.161100
2.12-2.335.70.08577460.9940.0390.0941.01499.9
2.33-2.675.70.07277900.9950.0330.0790.92100
2.67-3.365.80.0678450.9960.0270.0660.77100
3.36-255.50.06481340.9950.0290.0710.83299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZRQ

5zrq


解像度: 1.56→24.55 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1712 3866 4.99 %
Rwork0.1494 73583 -
obs0.1504 77449 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.5 Å2 / Biso mean: 20.1243 Å2 / Biso min: 8.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→24.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3924 0 47 555 4526
Biso mean--32.35 32.03 -
残基数----516
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1582X-RAY DIFFRACTION6.844TORSIONAL
12B1582X-RAY DIFFRACTION6.844TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.56-1.620.22323730.199672087581
1.62-1.680.2163910.180172967687
1.68-1.760.20483860.164472897675
1.76-1.850.1793830.152272617644
1.85-1.970.17293790.148173227701
1.97-2.120.17433900.141673207710
2.12-2.330.17933870.141173547741
2.33-2.670.18883850.149873957780
2.67-3.360.16553910.148874387829
3.36-24.550.14634010.142977008101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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