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万見
- PDB-7e2v: Crystal structure of MaDA-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e2v
タイトルCrystal structure of MaDA-3
要素MaDA-3
キーワードPLANT PROTEIN / enzyme Diels-Alderase cycloaddition stereoselectivity
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Morus alba (カラグワ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Gao, L. / Du, X. / Fan, J. / Lei, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21625201 中国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2021
タイトル: Enzymatic control of endo- and exo-stereoselective Diels-Alder reactions with broad substrate scope.
著者: Gao, L. / Zou, Y. / Liu, X. / Yang, J. / Du, X. / Wang, J. / Yu, X. / Fan, J. / Jiang, M. / Li, Y. / Houk, K.N. / Lei, X.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MaDA-3
B: MaDA-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7886
ポリマ－124,7742
非ポリマー2,0144
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: crystal packing
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.028, 79.167, 95.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.232, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 32 through 39 or (resid 40...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 32 through 51 or (resid 52...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERILEA3 - 12
d_12ens_1GLUTHRA14 - 264
d_13ens_1ILELEUA272 - 321
d_14ens_1ASPASNA324 - 332
d_15ens_1ARGGLUA336 - 408
d_16ens_1ALAPROA414 - 453
d_17ens_1TYRPROA456 - 499
d_21ens_1SERPROE1 - 477

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.445438994483, -0.838450358181, -0.313982641336), (-0.859304009601, -0.498829168544, 0.112987077548), (-0.251357755555, 0.219477692432, -0.942681717892)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.445438994483, -0.838450358181, -0.313982641336), (-0.859304009601, -0.498829168544, 0.112987077548), (-0.251357755555, 0.219477692432, -0.942681717892)
ベクター: 24.7458188039, 52.9090325603, -33.6275185377)

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要素

#1: タンパク質 MaDA-3


分子量: 62387.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Morus alba (カラグワ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10% 2-propanol, 0.1 M Bicine, pH 8.5, 30% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→43.59 Å / Num. obs: 25940 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 53.88 Å2 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / Num. unique obs: 1246 / CC1/2: 0.841

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JQH

6jqh


解像度: 2.94→43.59 Å / SU ML: 0.4997 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.0523
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3082 1299 5.01 %
Rwork0.2668 24641 -
obs0.2689 25940 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→43.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7751 0 134 0 7885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00438077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.926410968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05741220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d211085
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.15607736955 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-3.060.36641390.29952633X-RAY DIFFRACTION97.3
3.06-3.20.34911430.30152729X-RAY DIFFRACTION99.97
3.2-3.370.33711450.29872746X-RAY DIFFRACTION99.83
3.37-3.580.38551440.3142723X-RAY DIFFRACTION99.24
3.58-3.850.3691440.30062732X-RAY DIFFRACTION99.21
3.85-4.240.31451430.27862720X-RAY DIFFRACTION99.24
4.24-4.850.26951450.22232774X-RAY DIFFRACTION99.97
4.85-6.110.27091470.24012760X-RAY DIFFRACTION99.38
6.11-43.590.25281490.24022824X-RAY DIFFRACTION99.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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