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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e2b | |||||||||
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タイトル | GDPD mutant complex from Pyrococcus furiosus DSM 3638 | |||||||||
![]() | Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Glycerophosphate phosphodiesterase / Hydrolysis / glycerophosphorylcholine / lysophosphorylcholine | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, Y.H. / Wang, J. / Wang, F.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Observation of the GPC production during hydrolysis of LPC by GDPD D60A from Pyrococcus furiosus DSM 3638 著者: Wang, Y.H. / Wang, J. / Wang, F.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 950.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 944.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4oecS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29374.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2003 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLM / |
#3: 化合物 | ChemComp-CHT / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Hepes (pH 7.5), 25% w/v PEG3350, 0.2M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→70.12 Å / Num. obs: 26190 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 33.63 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / Num. unique obs: 1875 / CC1/2: 0.534 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4OEC 解像度: 1.85→20.83 Å / SU ML: 0.2344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.8764 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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