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万見
- PDB-7e0x: Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with 4-h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e0x
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with 4-hydroxyphenylacetic acid
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enzyme / Complex / Intermediate product
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXYPHENYLACETATE / : / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.887 Å
データ登録者Lin, H.Y. / Yang, G.F.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Rational Redesign of Enzyme via the Combination of Quantum Mechanics/Molecular Mechanics, Molecular Dynamics, and Structural Biology Study.
著者: Lin, H.Y. / Chen, X. / Dong, J. / Yang, J.F. / Xiao, H. / Ye, Y. / Li, L.H. / Zhan, C.G. / Yang, W.C. / Yang, G.F.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9953
ポリマ－44,7841
非ポリマー2112
水2,360131
1
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9916
ポリマ－89,5692
非ポリマー4224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area4440 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.026, 83.889, 62.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase / 4HPPD / HPD / HPPDase


分子量: 44784.332 Da / 分子数: 1 / 変異: S267W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HPD, PDS1, At1g06570, F12K11.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P93836, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-4HP / 4-HYDROXYPHENYLACETATE / 4-ヒドロキシフェニル酢酸


分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaAc pH4.5, 33% PEG 400, 0.1M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.887→30 Å / Num. obs: 30147 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.447 / Num. unique obs: 1498 / CC1/2: 0.869 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YY6

5yy6


解像度: 1.887→28.683 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 31.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1431 4.75 %
Rwork0.2049 --
obs0.2066 30121 95.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.887→28.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2897 0 12 131 3040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8244050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6941058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.887-1.95420.37211300.31842498X-RAY DIFFRACTION83
1.9542-2.03250.35891490.31252928X-RAY DIFFRACTION97
2.0325-2.12490.35171320.30842838X-RAY DIFFRACTION95
2.1249-2.23690.31471460.27262847X-RAY DIFFRACTION95
2.2369-2.3770.27431380.23672967X-RAY DIFFRACTION99
2.377-2.56040.25851790.22572949X-RAY DIFFRACTION98
2.5604-2.81790.29491370.20822954X-RAY DIFFRACTION98
2.8179-3.22520.22451430.19732848X-RAY DIFFRACTION94
3.2252-4.06160.19651460.17192977X-RAY DIFFRACTION98
4.0616-28.6830.20571310.17462884X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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