[日本語] English
万見
- PDB-7e0n: Crystal structure of Monoacylglycerol Lipase chimera -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e0n
タイトルCrystal structure of Monoacylglycerol Lipase chimera
要素Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
キーワードHYDROLASE / Monoacylglycerol Lipase
機能・相同性Esterase/lipase / : / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / lipase activity / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / membrane / Lipase
機能・相同性情報
生物種Geobacillus sp. 12AMOR1 (バクテリア)
Bacillus oceanisediminis 2691 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lan, D.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Monoacylglycerol Lipase chimera
著者: Lan, D.M. / Wang, Y.H.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
B: Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
C: Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
D: Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,5368
ポリマ－116,1684
非ポリマー3684
水25,3831409
1
A: Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1342
ポリマ－29,0421
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1342
ポリマ－29,0421
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1342
ポリマ－29,0421
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1342
ポリマ－29,0421
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.798, 99.854, 207.236
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-661-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 3 or resid 5...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 3 or resid 5...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 3 or resid 5...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 3 or resid 5...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METGLUA1 - 3
d_12ens_1TYRTHRA5 - 69
d_13ens_1GLNASNA72 - 87
d_14ens_1CYSILEA89 - 114
d_15ens_1GLYVALA116 - 220
d_16ens_1LEULEUA222 - 243
d_17ens_1PHETHRA245 - 252
d_18ens_1GOLGOLB
d_21ens_1METGLUC1 - 3
d_22ens_1TYRTHRC6 - 70
d_23ens_1GLNASNC72 - 87
d_24ens_1CYSILEC89 - 114
d_25ens_1GLYVALC117 - 221
d_26ens_1LEULEUC223 - 244
d_27ens_1PHETHRC246 - 253
d_28ens_1GOLGOLD
d_31ens_1METGLUE1 - 3
d_32ens_1TYRTHRE5 - 69
d_33ens_1GLNASNE72 - 87
d_34ens_1CYSILEE89 - 114
d_35ens_1GLYVALE117 - 221
d_36ens_1LEULEUE224 - 245
d_37ens_1PHETHRE248 - 255
d_38ens_1GOLGOLF
d_41ens_1METGLUG1 - 3
d_42ens_1TYRTHRG5 - 69
d_43ens_1GLNASNG71 - 86
d_44ens_1CYSILEG89 - 114
d_45ens_1GLYVALG117 - 221
d_46ens_1LEULEUG223 - 244
d_47ens_1PHETHRG246 - 253
d_48ens_1GOLGOLH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999301270651, 0.0347342997903, -0.0138021336231), (0.0353341101025, -0.99832122001, 0.0458938159356), (-0.0121848733161, -0.0463494346885, -0.998850969247)31.8499006042, 50.0876302799, 104.867800434
2given(-0.999693035568, -0.018196331213, -0.0168145224825), (-0.0174529014124, 0.998907495011, -0.0433498863066), (0.0175849614221, -0.0430431172302, -0.998918444715)24.4217619914, 1.23177655939, 52.551742878
3given(-0.999979986329, -0.00483529941096, -0.0040800516212), (0.00485960892994, -0.999970374724, -0.00596941159136), (-0.0040510668562, -0.00598911957682, 0.99997385931)56.2050059208, 51.4375652517, 52.0328456754

-
要素

#1: タンパク質
Thermostable monoacylglycerol lipase,Lipase


分子量: 29042.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus sp. 12AMOR1 (バクテリア), (組換発現) Bacillus oceanisediminis 2691 (バクテリア)
遺伝子: A361_02165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A160MIM0
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細The sequence of residue 1-160 is GenBank entry AKM18206.1.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: potassium phosphate dibasic, sodium phosphate monobasic, imidazole/hydrochloric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 115284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 19.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 5671 / Rpim(I) all: 0.234 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XKS

5xks


解像度: 1.85→23.63 Å / SU ML: 0.1333 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.0468
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1779 1904 1.76 %
Rwork0.1548 106059 -
obs0.1552 107963 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→23.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7712 0 24 1409 9145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.149410832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1791219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.04191087
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.746903897188
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.568979785014
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.660131451096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.2721180.20866236X-RAY DIFFRACTION78.52
1.9-1.950.20211190.19486974X-RAY DIFFRACTION87.22
1.95-2.010.18911310.18367305X-RAY DIFFRACTION91.51
2.01-2.070.18631390.16557602X-RAY DIFFRACTION95.05
2.07-2.140.17891380.16167712X-RAY DIFFRACTION96.39
2.14-2.230.19791390.15937766X-RAY DIFFRACTION96.56
2.23-2.330.19921410.15777794X-RAY DIFFRACTION96.89
2.33-2.450.19521390.1587758X-RAY DIFFRACTION97.04
2.45-2.610.16581400.1577871X-RAY DIFFRACTION97.27
2.61-2.810.17951420.15417929X-RAY DIFFRACTION98.02
2.81-3.090.17991440.1537953X-RAY DIFFRACTION98.01
3.09-3.540.18061430.14768026X-RAY DIFFRACTION98.79
3.54-4.450.15491450.13228030X-RAY DIFFRACTION97.59
4.45-23.630.15591260.15387103X-RAY DIFFRACTION83.14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る