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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dzi | ||||||
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タイトル | intermediate of FABP with a delay time of 300 ns | ||||||
![]() | Fatty acid-binding protein, liver | ||||||
![]() | RECOMBINATION / FABP | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / Triglyceride catabolism ...response to vitamin B3 / oleic acid binding / apical cortex / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / bile acid binding / intestinal absorption / Heme degradation / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / heterocyclic compound binding / Triglyceride catabolism / antioxidant activity / peroxisomal matrix / fatty acid transport / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / fatty acid binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / phospholipid binding / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to hypoxia / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Yu, L.-J. / Liu, X. / Shen, J.-R. / Wang, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Excited-state intermediates in a designer protein encoding a phototrigger caught by an X-ray free-electron laser. 著者: Liu, X. / Liu, P. / Li, H. / Xu, Z. / Jia, L. / Xia, Y. / Yu, M. / Tang, W. / Zhu, X. / Chen, C. / Zhang, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Luo, F. / Kato, K. / Nakajima, Y. / Kishi, S. / Yu, H. ...著者: Liu, X. / Liu, P. / Li, H. / Xu, Z. / Jia, L. / Xia, Y. / Yu, M. / Tang, W. / Zhu, X. / Chen, C. / Zhang, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Luo, F. / Kato, K. / Nakajima, Y. / Kishi, S. / Yu, H. / Matsubara, N. / Owada, S. / Tono, K. / Iwata, S. / Yu, L.J. / Shen, J.R. / Wang, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 943.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 952.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7dzeC ![]() 7dzfC ![]() 7dzgC ![]() 7dzhC ![]() 7dzjC ![]() 7dzkC ![]() 7dzlC ![]() 1lkkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15635.829 Da / 分子数: 2 / 変異: C69L, L71M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M potassium thiocyanate, pH 7.0, 30% PEG 2000 monomethyl ether |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 33749 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 100 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 0.157 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 66 % / Num. unique obs: 3307 / CC1/2: 0.63 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LKK 解像度: 1.65→19.75 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.88 Å2 / Biso mean: 33.1823 Å2 / Biso min: 14.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→19.75 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.7511 Å / Origin y: -7.8886 Å / Origin z: -21.1846 Å
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精密化 TLSグループ |
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