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万見
- PDB-7dyi: Crystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dyi
タイトルCrystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC
要素Circadian clock protein kinase KaiC
キーワードTRANSFERASE / CLOCK PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Circadian clock oscillator protein KaiC
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Furuike, Y. / Akiyama, S.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Elucidation of master allostery essential for circadian clock oscillation in cyanobacteria.
著者: Furuike, Y. / Mukaiyama, A. / Ouyang, D. / Ito-Miwa, K. / Simon, D. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock protein kinase KaiC
B: Circadian clock protein kinase KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,32810
ポリマ－116,2022
非ポリマー2,1268
水55831
1
A: Circadian clock protein kinase KaiC
B: Circadian clock protein kinase KaiC
ヘテロ分子

A: Circadian clock protein kinase KaiC
B: Circadian clock protein kinase KaiC
ヘテロ分子

A: Circadian clock protein kinase KaiC
B: Circadian clock protein kinase KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,98330
ポリマ－348,6056
非ポリマー6,37824
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area43660 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area85920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.323, 94.323, 180.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Circadian clock protein kinase KaiC


分子量: 58100.781 Da / 分子数: 2 / 変異: T432A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア)
株: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 313 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: sodium/pottasium tartrae, sodium acetate, KCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→48.51 Å / Num. obs: 26712 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.64→2.77 Å / Num. unique obs: 3551 / CC1/2: 0.899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GBL

2gbl


解像度: 2.64→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 31.932 / SU ML: 0.589 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3306 1339 5 %RANDOM
Rwork0.2939 ---
obs0.2957 25305 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.69 Å2 / Biso mean: 59.847 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.95 Å2-2.48 Å2-0 Å2
2---4.95 Å20 Å2
3---16.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6510 0 128 31 6669
Biso mean--58.54 48.2 -
残基数----911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0136743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0185809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2131.6419174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1381.57613298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9685903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84121310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.85115942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4531549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0280.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021503
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.708 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.59 116 -
Rwork0.488 1857 -
all-1973 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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