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- PDB-7dy2: Crystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dy2
タイトルCrystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC
要素(Circadian clock protein kinase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / clock protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / circadian rhythm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Circadian clock oscillator protein KaiC
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Furuike, Y. / Akiyama, S.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Elucidation of master allostery essential for circadian clock oscillation in cyanobacteria.
著者: Furuike, Y. / Mukaiyama, A. / Ouyang, D. / Ito-Miwa, K. / Simon, D. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock protein kinase KaiC
B: Circadian clock protein kinase KaiC
E: Circadian clock protein kinase KaiC
F: Circadian clock protein kinase KaiC
C: Circadian clock protein kinase KaiC
D: Circadian clock protein kinase KaiC
G: Circadian clock protein kinase KaiC
H: Circadian clock protein kinase KaiC
K: Circadian clock protein kinase KaiC
L: Circadian clock protein kinase KaiC
I: Circadian clock protein kinase KaiC
J: Circadian clock protein kinase KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)709,33748
ポリマ－697,75312
非ポリマー11,58436
水32418
1
A: Circadian clock protein kinase KaiC
B: Circadian clock protein kinase KaiC
E: Circadian clock protein kinase KaiC
F: Circadian clock protein kinase KaiC
C: Circadian clock protein kinase KaiC
D: Circadian clock protein kinase KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,77325
ポリマ－348,9176
非ポリマー5,85619
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43280 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area93800 Å2
手法PISA
2
G: Circadian clock protein kinase KaiC
H: Circadian clock protein kinase KaiC
K: Circadian clock protein kinase KaiC
L: Circadian clock protein kinase KaiC
I: Circadian clock protein kinase KaiC
J: Circadian clock protein kinase KaiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,56423
ポリマ－348,8376
非ポリマー5,72817
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41690 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area94480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.803, 206.600, 168.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Circadian clock protein kinase ... , 2種, 12分子 ABEFCDGKLIJH

#1: タンパク質
Circadian clock protein kinase KaiC


分子量: 58152.750 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア)
株: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Circadian clock protein kinase KaiC


分子量: 58072.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア)
株: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 4種, 54分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 313 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 / 詳細: Acetatic acid, Sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.038→50 Å / Num. obs: 120308 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 3.038→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.899 / Num. unique obs: 12016

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GBL

2gbl


解像度: 3.04→49.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 78.48 / SU ML: 0.624 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.592 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3256 6048 5 %RANDOM
Rwork0.263 ---
obs0.2662 114215 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 161.94 Å2 / Biso mean: 61.728 Å2 / Biso min: 32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å2-0 Å20.21 Å2
2---3.22 Å2-0 Å2
3---4.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.04→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38547 0 712 18 39277
Biso mean--69.09 48.64 -
残基数----5548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01339914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01832625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.64254430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1931.57974751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.31255497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90121.5051747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.087155015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.28315247
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.030.25830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0247159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.028842
LS精密化 シェル解像度: 3.04→3.117 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 357 -
Rwork0.374 7466 -
obs--87.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62760.39090.30551.41750.47430.4404-0.0357-0.1670.0456-0.10610.007-0.03260.00410.11470.02870.22780.0482-0.24590.2668-0.00950.307220.56-12.32991.993
20.78060.5196-0.00461.02990.20190.3447-0.0452-0.3327-0.06840.00240.0003-0.08530.01430.04410.0450.25570.071-0.25210.348-0.01390.2796-2.542-12.55109.845
30.1394-0.15360.07011.27860.43140.27-0.02720.02720.0708-0.1137-0.0228-0.0267-0.06930.00330.05010.312-0.0141-0.30560.16640.00810.3212-7.7419.64255.597
40.35040.07670.121.56870.33020.17640.03130.0030.0438-0.0773-0.0097-0.1349-0.01840.1177-0.02160.1924-0.0253-0.20580.2434-0.0140.283217.773-1.38264.507
50.34040.26580.11490.88320.32820.44510.0185-0.13680.0006-0.0161-0.02390.0174-0.0282-0.04340.00540.19490.0406-0.23310.3132-0.05330.2836-28.492-2.322100.445
60.16980.06170.1791.15610.44770.63180.0263-0.00350.0141-0.0232-0.0601-0.0587-0.0516-0.12220.03380.24020.044-0.28360.1928-0.04970.3625-30.6379.00673.288
70.29380.093-0.24410.61850.29070.4728-0.10890.27330.20930.02310.16440.11540.0486-0.1858-0.05550.2899-0.0403-0.3290.29120.14050.420812.36-24.651155.791
80.7420.57360.28541.11490.4040.3121-0.0089-0.0072-0.00090.01630.01390.0903-0.0422-0.1168-0.0050.19730.0062-0.22220.24950.04380.31699.282-38.001181.05
90.38130.3301-0.07551.39240.1580.3561-0.08450.32420.0111-0.0059-0.0015-0.10840.00640.01270.0860.1924-0.0461-0.20010.43070.02580.250360.423-37.544153.91
100.6461-0.00350.00451.62270.94240.8584-0.1550.51810.21440.06030.07230.15470.06710.06080.08270.2998-0.1347-0.26450.47530.19470.27137.535-24.694141.309
110.74790.63430.28351.58470.39650.1978-0.0031-0.0864-0.10280.1062-0.00780.003-0.029-0.03380.01090.28-0.001-0.23650.18780.01540.247532.678-50.925193.429
120.5060.51990.0951.2530.34320.2598-0.04930.0502-0.1005-0.0120.0127-0.0554-0.02050.05680.03660.241-0.0115-0.25850.2428-0.02170.337758.168-50.997179.556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 498
2X-RAY DIFFRACTION1A602 - 603
3X-RAY DIFFRACTION2B18 - 496
4X-RAY DIFFRACTION2B703
5X-RAY DIFFRACTION3E18 - 497
6X-RAY DIFFRACTION3E604
7X-RAY DIFFRACTION4F17 - 497
8X-RAY DIFFRACTION4F602 - 603
9X-RAY DIFFRACTION5C19 - 498
10X-RAY DIFFRACTION5C602 - 603
11X-RAY DIFFRACTION6D18 - 496
12X-RAY DIFFRACTION6D602 - 603
13X-RAY DIFFRACTION7G18 - 497
14X-RAY DIFFRACTION7G602 - 603
15X-RAY DIFFRACTION8H18 - 499
16X-RAY DIFFRACTION8H602 - 603
17X-RAY DIFFRACTION9K15 - 497
18X-RAY DIFFRACTION9K602 - 603
19X-RAY DIFFRACTION10L18 - 497
20X-RAY DIFFRACTION10L602 - 603
21X-RAY DIFFRACTION11I18 - 498
22X-RAY DIFFRACTION11I602
23X-RAY DIFFRACTION12J17 - 497
24X-RAY DIFFRACTION12J703

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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