+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dy2 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC | ||||||
Components | (Circadian clock protein kinase ...) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / clock protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Synechococcus elongatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.04 Å | ||||||
Authors | Furuike, Y. / Akiyama, S. | ||||||
Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2022 Title: Elucidation of master allostery essential for circadian clock oscillation in cyanobacteria. Authors: Furuike, Y. / Mukaiyama, A. / Ouyang, D. / Ito-Miwa, K. / Simon, D. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dy2.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dy2.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dy2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dy2_validation.pdf.gz | 6.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7dy2_full_validation.pdf.gz | 6.4 MB | Display | |
Data in XML | 7dy2_validation.xml.gz | 199.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7dy2_validation.cif.gz | 261.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dy2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7dxqC 7dyiC 7dyjC 7dykC 7v3xC 2gblS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Circadian clock protein kinase ... , 2 types, 12 molecules ABEFCDGKLIJH
#1: Protein | Mass: 58152.750 Da / Num. of mol.: 11 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) (bacteria) Strain: PCC 7942 / FACHB-805 / Gene: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / Plasmid: pGEX-6P-1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Protein | | Mass: 58072.773 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942 / FACHB-805) (bacteria) Strain: PCC 7942 / FACHB-805 / Gene: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / Plasmid: pGEX-6P-1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-Non-polymers , 4 types, 54 molecules
#3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-ATP / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 313 K / Method: evaporation / pH: 5 / Details: Acetatic acid, Sodium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.038→50 Å / Num. obs: 120308 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.038→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.899 / Num. unique obs: 12016 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2GBL Resolution: 3.04→49.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 78.48 / SU ML: 0.624 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.592 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 161.94 Å2 / Biso mean: 61.728 Å2 / Biso min: 32 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.04→49.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.04→3.117 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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