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- PDB-7dyd: Crystal structure of MERS-CoV N-NTD complexed with ligand P4-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dyd
タイトルCrystal structure of MERS-CoV N-NTD complexed with ligand P4-2
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Middle East respiratory syndrome coronavirus / nucleocapsid protein / N-terminal domain
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
5-propan-2-yloxy-1H-indole / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Hou, M.H. / Lin, S.M. / Hsu, J.N.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2311-B-005-007-MY3 台湾
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Targeting the N-Terminus Domain of the Coronavirus Nucleocapsid Protein Induces Abnormal Oligomerization via Allosteric Modulation.
著者: Hsu, J.N. / Chen, J.S. / Lin, S.M. / Hong, J.Y. / Chen, Y.J. / Jeng, U.S. / Luo, S.Y. / Hou, M.H.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2635
ポリマ－57,0874
非ポリマー1751
水2,504139
1
A: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5442
ポリマ－28,5442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7193
ポリマ－28,5442
非ポリマー1751
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.638, 109.370, 92.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 14271.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I2MQD0
#2: 化合物 ChemComp-EY3 / 5-propan-2-yloxy-1H-indole / 5-イソプロポキシ-1H-インド-ル


分子量: 175.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein 5 mg/mL, Tris-HCl (pH=7.5) 25 mM, NaCl 75 mM, MES (pH=5.5) 140 mM ,(NH4)2SO4 75 mM, PEG 3350 29 %, NaBr 2 mM, ligands 2 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→30 Å / Num. obs: 43168 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.38-2.477.10.45426300.8830.1830.490.83498.2
2.47-2.567.60.37627370.9190.1470.4040.87797.9
2.56-2.687.80.27926690.9590.1080.2990.92798.2
2.68-2.827.70.21927030.9710.0850.2350.94398.7
2.82-37.70.16227280.9840.0630.1741.01298.7
3-3.237.70.1227310.9870.0460.1291.20199
3.23-3.557.70.09927330.990.0380.1060.83199
3.55-4.077.60.07827170.9920.0310.0840.95199.2
4.07-5.127.50.06227600.9950.0240.0671.0899.4
3-5.127.40.05327880.9960.0210.0570.87399.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J3K

4j3k


解像度: 2.39→29.55 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 34.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2952 3183 7.37 %
Rwork0.2578 39985 -
obs0.2607 43168 79.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.99 Å2 / Biso mean: 40.0932 Å2 / Biso min: 15.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3757 0 13 139 3909
Biso mean--54.1 35.46 -
残基数----483
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.39-2.420.43880.3251045113348
2.42-2.460.3636900.32571079116951
2.46-2.50.3707900.31521135122551
2.5-2.540.3808900.3121181127153
2.54-2.590.3495910.30541167125855
2.59-2.640.3314980.30891228132657
2.64-2.690.29471080.30171364147261
2.69-2.750.38671070.3071401150863
2.75-2.820.3131090.29331450155968
2.82-2.890.35671400.28971665180576
2.89-2.960.3491440.28741857200184
2.96-3.050.29871580.28521910206890
3.05-3.150.2921620.28542096225896
3.15-3.260.30281730.26792141231496
3.26-3.390.32891490.27242002215193
3.39-3.550.33491720.26482135230796
3.55-3.730.31261770.252113229098
3.73-3.970.28491720.24242224239699
3.97-4.270.24091740.23592075224999
4.27-4.70.2741800.2192162234299
4.7-5.380.27961720.21662170234299
5.38-6.760.27221770.229222012378100
6.76-29.550.2371620.25742184234699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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