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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dy4 | ||||||
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タイトル | High resolution crystal structure of hemoglobin M Boston. | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / Abnormal Hemoglobin / Allosteric proteins / Oxygen binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ohki, M. / Park, S.-Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: High resolution crystal structure of hemoglobin M Boston. 著者: Nagatomo, S. / Naoya, S. / Ohki, M. / Park, S.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dy4.cif.gz | 345.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dy4.ent.gz | 226.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dy4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dy4_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dy4_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dy4_validation.xml.gz | 68.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dy4_validation.cif.gz | 100.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dy4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2dn2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15175.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.1M Bistris-HCl buffer, 0.2M magnesium chloride, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→13.16 Å / Num. obs: 277356 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 9.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / Num. unique obs: 854995 / CC1/2: 0.949 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2dn2 解像度: 1.3→13.16 Å / SU ML: 0.1038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 18.1241 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→13.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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