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- PDB-7dxp: Influenza H5N1 nucleoprotein in complex with nucleotides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dxp
タイトルInfluenza H5N1 nucleoprotein in complex with nucleotides
要素
  • Nucleoprotein核タンパク質
  • RNA (5'-R(P*(OMU)P*(OMU)P*(OMU)P*(OMU))-3')
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA (ウイルス性) / nucleocapsid (カプシド) / RNA-binding / influenza nucleoprotein / VIRAL PROTEIN-RNA complex (ウイルス性)
機能・相同性デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tang, Y.S. / Xu, S. / Chen, Y.W. / Wang, J.H. / Shaw, P.C.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)T11-705/14N 香港
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2021
タイトル: Crystal structures of influenza nucleoprotein complexed with nucleic acid provide insights into the mechanism of RNA interaction.
著者: Tang, Y.S. / Xu, S. / Chen, Y.W. / Wang, J.H. / Shaw, P.C.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: RNA (5'-R(P*(OMU)P*(OMU)P*(OMU)P*(OMU))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4485
ポリマ-117,3243
非ポリマー1242
2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Microscale thermophoresis
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.010, 60.630, 82.710
Angle α, β, γ (deg.)106.700, 109.010, 96.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / 核タンパク質


分子量: 57243.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Hong Kong/483/1997(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
: A/Hong Kong/483/97(H5N1) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 RNA (5'-R(P*(OMU)P*(OMU)P*(OMU)P*(OMU))-3')


分子量: 2836.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細Missing residues contain expression tags, disordered residues and a deletion from 402-428.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 0.1 M NaCl and 11% PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25.52 Å / Num. obs: 37106 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Num. unique obs: 5475 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→24.501 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / WRfactor Rfree: 0.254 / WRfactor Rwork: 0.199 / SU B: 7.704 / SU ML: 0.185 / Average fsc free: 0.8967 / Average fsc work: 0.9135 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.263 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 1866 5.032 %
Rwork0.193 35220 -
all0.196 --
obs-37086 90.33 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.848 Å20.252 Å2-0.659 Å2
2--1.025 Å2-0.067 Å2
3----0.864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.501 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6461 66 8 155 6690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.6618976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3271.58814433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0595815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.14619.543416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.897151208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4641590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21447
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.26064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.23234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.23370
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0560.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2420.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2730.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1630.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4063.4233272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4043.4223271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1415.114077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1415.1114078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8463.9273408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8453.9273409
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9025.7054897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9015.7054898
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.39239.5097624
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.39239.5127625
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0910.0512562
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.3590.2811250.23926270.24130060.8250.84891.55020.218
2.359-2.4230.2981280.22825400.23229160.8390.86491.49520.208
2.423-2.4930.2841230.22325110.22528580.8520.88292.16240.199
2.493-2.5690.281390.20824340.21228050.8710.89691.72910.184
2.569-2.6520.2541310.20823120.2126750.8910.89891.32710.188
2.652-2.7440.2451160.20122490.20325980.9010.91591.03160.185
2.744-2.8460.2571150.18621920.18925380.9150.92790.89830.167
2.846-2.9610.2521210.17920670.18324120.9020.92690.71310.164
2.961-3.090.2641010.19419680.19822800.8950.91990.74560.183
3.09-3.2380.2421090.17419200.17822450.9210.94190.37860.168
3.238-3.410.2321070.18818260.19121370.9170.9290.45390.186
3.41-3.6130.2451000.19616930.19920050.9130.92889.42640.196
3.613-3.8560.257730.1815750.18318760.9280.93987.84650.186
3.856-4.1570.221590.17214510.17417600.9370.95185.79550.183
4.157-4.540.201620.16512640.16616120.9450.95682.25810.184
4.54-5.0550.223600.17311570.17614700.9370.9582.78910.2
5.055-5.7960.279670.20811840.21212890.9360.93997.0520.238
5.796-7.0010.247630.20310160.20611140.9220.94796.85820.237
7.001-9.520.23440.1667840.1698770.9380.95894.41280.216
9.52-24.5010.236230.2864500.2835460.9160.92486.630.393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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