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万見
- PDB-7dxo: The mutant of bifunctional thioesterase catalyzing epimerization ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dxo
タイトルThe mutant of bifunctional thioesterase catalyzing epimerization and cyclization
要素Non-ribosomal peptide synthetase 4
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / hydrolase fold / thioesterase (チオエステル加水分解酵素) / epimerization (エピマー) / cyclization (環式化合物)
機能・相同性
機能・相同性情報


amide biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / : / organonitrogen compound biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Polyketide synthase, thioesterase domain / チオエステル加水分解酵素 / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain ...Non-ribosomal peptide synthase / Polyketide synthase, thioesterase domain / チオエステル加水分解酵素 / チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-ribosomal peptide synthetase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces abietis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yu, J.H. / Song, J. / Chi, C.B. / Ma, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21877002, 81673332, 81991525, 81573326 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Functional Characterization and Crystal Structure of the Bifunctional Thioesterase Catalyzing Epimerization and Cyclization in Skyllamycin Biosynthesis
著者: Yu, J. / Juan, S. / Chi, C. / Liu, T. / Geng, T. / Cai, Z. / Dong, W. / Shi, C. / Ma, X. / Zhang, Z. / Ma, X. / Xing, B. / Jin, H. / Zhang, L. / Dong, S. / Yang, D. / Ma, M.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-ribosomal peptide synthetase 4
B: Non-ribosomal peptide synthetase 4
C: Non-ribosomal peptide synthetase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6153
ポリマ－90,6153
非ポリマー00
水3,441191
1
A: Non-ribosomal peptide synthetase 4
B: Non-ribosomal peptide synthetase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4102
ポリマ－60,4102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
2
C: Non-ribosomal peptide synthetase 4

C: Non-ribosomal peptide synthetase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4102
ポリマ－60,4102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area1740 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.959, 117.582, 210.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-310-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Non-ribosomal peptide synthetase 4


分子量: 30204.977 Da / 分子数: 3 / 変異: S97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces abietis (バクテリア)
遺伝子: nrps4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J0R317
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The Ala206 in the sequence is different naturally to the published homologues (A0A1J0R317). ...The Ala206 in the sequence is different naturally to the published homologues (A0A1J0R317). Sequence used in this study was derived from Streptomyces strain isolated from a marine coral sample, which has not been deposited to any database at the time of data annotation.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 60% v/v Tacsimate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.540562 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.540562 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→27.13 Å / Num. obs: 33187 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 25.37
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.234 / Num. unique obs: 3325

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CRN

7crn


解像度: 2.4→5.22 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 1987 6 %
Rwork0.2227 31126 -
obs0.2263 33113 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.49 Å2 / Biso mean: 17.8224 Å2 / Biso min: 1.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→5.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6060 0 0 191 6251
Biso mean---17.26 -
残基数----792
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.460.37741420.29012210235299
2.46-2.530.30091420.264322032345100
2.53-2.60.32661420.247522202362100
2.6-2.680.28841390.238321912330100
2.68-2.780.31711450.237621862331100
2.78-2.890.29511460.256822232369100
2.89-3.020.3621340.249422352369100
3.02-3.180.41161420.247122412383100
3.18-3.380.27691460.2392210235699
3.38-3.640.26351430.20892201234499
3.64-4.010.24071410.19132251239298
4.01-4.580.21851430.18432180232398
4.59-5.770.22671420.19592250239298
5.77-27.130.18831400.18842325246598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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