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- PDB-7dxm: Crystal structure of DltD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dxm
タイトルCrystal structure of DltD
要素Protein DltD
キーワードTRANSFERASE / O-acyltransferase / dlt operon
機能・相同性DltD / D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis DltD, Firmicutes / DltD protein / lipoteichoic acid biosynthetic process / plasma membrane / Protein DltD
機能・相同性情報
生物種Streptococcus thermophilus LMG 18311 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Yan, X.X. / Zeng, Q. / Tian, L.F.
引用ジャーナル: Prog.Biochem.Biophys. / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of an O-acyltransfer Terminal Protein stDltD and Its Implications for dlt Operon-mediated D-alanylation of S. thermophilus.
著者: Zeng, Q. / Tian, L.F. / Liu, Y.P. / Yan, X.X. / Xu, W.Q.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DltD
B: Protein DltD
C: Protein DltD
D: Protein DltD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,7008
ポリマ－183,3164
非ポリマー3844
水70339
1
A: Protein DltD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0213
ポリマ－45,8291
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein DltD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9252
ポリマ－45,8291
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein DltD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8291
ポリマ－45,8291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein DltD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9252
ポリマ－45,8291
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.273, 109.92, 282.377
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Protein DltD


分子量: 45829.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus LMG 18311 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311 / 遺伝子: dltD / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5M4V2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / Density meas: 53.22 Mg/m3 / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% glycerol, 14% [w/v] PEG6000, 170 mM (NH4)2SO4)

-
データ収集

回折平均測定温度: 81 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→40 Å / Num. obs: 38815 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 10.85
反射 シェル解像度: 2.96→3.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1904 / CC1/2: 0.554 / Rpim(I) all: 0.573

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BMA

3bma


解像度: 2.96→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1884 -
Rwork0.216 --
obs-36928 98.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12726 0 20 39 12785

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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