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- PDB-7dwh: Complex structure of SAM-dependent methyltransferase ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dwh
タイトルComplex structure of SAM-dependent methyltransferase ribozyme
要素
  • RNA (45-MER)
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードTRANSFERASE/RNA / Ribozyme / methyltransferase / complex / RNA / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jiang, H.Y. / Gao, Y.Q. / Chen, D.R. / Murchie, A.
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2021
タイトル: The identification and characterization of a selected SAM-dependent methyltransferase ribozyme that is present in natural sequences
著者: Jiang, H.Y. / Gao, Y.Q. / Zhang, L. / Chen, D.R. / Gan, J.H. / Murchie, A.I.H.
履歴
登録2021年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
X: RNA (45-MER)
Y: RNA (45-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,81210
ポリマ－75,8886
非ポリマー9244
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.923, 77.305, 101.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain X
21chain Y
12(chain A and (resid 8 or (resid 9 and (name...
22(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...
32(chain C and (resid 8 or (resid 9 and (name...
42(chain D and (resid 8 or (resid 9 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GGCCchain XXE1 - 451 - 45
211GGCCchain YYF1 - 451 - 45
112PROPROPROPRO(chain A and (resid 8 or (resid 9 and (name...AA88
122ASNASNASNASN(chain A and (resid 8 or (resid 9 and (name...AA99
132THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 8 or (resid 9 and (name...AA6 - 1006 - 100
142THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 8 or (resid 9 and (name...AA6 - 1006 - 100
152THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 8 or (resid 9 and (name...AA6 - 1006 - 100
162THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 8 or (resid 9 and (name...AA6 - 1006 - 100
212PROPROILEILE(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 218 - 21
222LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB22 - 2322 - 23
232PROPROASPASP(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 928 - 92
242PROPROASPASP(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 928 - 92
252PROPROASPASP(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 928 - 92
262PROPROASPASP(chain B and (resid 8 through 21 or (resid 22...BB8 - 928 - 92
312PROPROPROPRO(chain C and (resid 8 or (resid 9 and (name...CC88
322ASNASNASNASN(chain C and (resid 8 or (resid 9 and (name...CC99
332THRTHRVALVAL(chain C and (resid 8 or (resid 9 and (name...CC6 - 1026 - 102
342THRTHRVALVAL(chain C and (resid 8 or (resid 9 and (name...CC6 - 1026 - 102
352THRTHRVALVAL(chain C and (resid 8 or (resid 9 and (name...CC6 - 1026 - 102
362THRTHRVALVAL(chain C and (resid 8 or (resid 9 and (name...CC6 - 1026 - 102
412PROPROPROPRO(chain D and (resid 8 or (resid 9 and (name...DD88
422ASNASNASNASN(chain D and (resid 8 or (resid 9 and (name...DD99
432GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 8 or (resid 9 and (name...DD5 - 1015 - 101
442GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 8 or (resid 9 and (name...DD5 - 1015 - 101
452GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 8 or (resid 9 and (name...DD5 - 1015 - 101
462GLUGLUPHEPHE(chain D and (resid 8 or (resid 9 and (name...DD5 - 1015 - 101

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 11740.739 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 RNA (45-MER)


分子量: 14462.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: sodium phosphate monobasic monohydrate, polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 17380 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 62.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 81837
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.212.90.23615950.9370.1430.2780.82290.9
3.21-3.343.40.24416960.9460.140.2830.94995.3
3.34-3.493.80.22517080.9550.1250.2590.8797
3.49-3.674.30.19817190.9730.1020.2230.92998
3.67-3.94.60.14817480.9860.0740.1670.95898.8
3.9-4.214.70.11117570.9930.0540.1240.96998.6
4.21-4.635.60.10217680.9950.0450.1121.00599.6
4.63-5.295.70.08817790.9950.0390.0970.99899.6
5.29-6.665.60.08217770.9920.0370.090.96799.3
6.66-306.30.07518330.9960.0320.0811.00899.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DLZ

7dlz


解像度: 3.1→29.534 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 728 4.88 %
Rwork0.2089 14197 -
obs0.2114 14925 83.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 192.19 Å2 / Biso mean: 72.2129 Å2 / Biso min: 18.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→29.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2929 1920 47 6 4902
Biso mean--90.68 27.73 -
残基数----464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6677426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04911
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3912923
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11X1074X-RAY DIFFRACTION12.191TORSIONAL
12Y1074X-RAY DIFFRACTION12.191TORSIONAL
21A1562X-RAY DIFFRACTION12.191TORSIONAL
22B1562X-RAY DIFFRACTION12.191TORSIONAL
23C1562X-RAY DIFFRACTION12.191TORSIONAL
24D1562X-RAY DIFFRACTION12.191TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1-3.33890.3925760.2772149544
3.3389-3.67430.3291200.2582263778
3.6743-4.20470.27031890.2029325597
4.2047-5.29250.22721800.19753366100
5.2925-29.530.22811630.1916344499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.17 Å / Origin y: 17.4446 Å / Origin z: -23.227 Å
111213212223313233
T0.2847 Å20.0164 Å2-0.0359 Å2-0.1917 Å20.075 Å2--0.2829 Å2
L1.6295 °2-0.1302 °2-1.0839 °2-0.7566 °20.1903 °2--1.6015 °2
S0.1006 Å °-0.18 Å °0.0468 Å °0.1447 Å °-0.0204 Å °-0.0242 Å °-0.2296 Å °0.1789 Å °-0.0669 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 92
3X-RAY DIFFRACTION1allC6 - 102
4X-RAY DIFFRACTION1allD5 - 101
5X-RAY DIFFRACTION1allX1 - 45
6X-RAY DIFFRACTION1allY1 - 45
7X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 2
8X-RAY DIFFRACTION1allF1
9X-RAY DIFFRACTION1allF2
10X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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