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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dwg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a glutathione S-transferase mutant SbGSTU7(T53I) from Salix babylonica in complex with glutathione | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Enzyme / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to chemical / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhuge, X.L. / Yang, H.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a glutathione S-transferase mutant SbGSTU7(T53I) from Salix babylonica in complex with glutathione 著者: Zhuge, X.L. / Yang, H.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 711.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 715.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7dweS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25625.475 Da / 分子数: 1 / 変異: T53I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GSH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: HEPES sodium, PEG 400, Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→35.34 Å / Num. obs: 34121 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 29.49 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 2.69 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.73 Å / Num. unique obs: 3335 / CC1/2: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7DWE 解像度: 1.67→35.34 Å / SU ML: 0.1489 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5517 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→35.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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