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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dw3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a glutathione S-transferase mutant SbGSTU6(I55T) from Salix babylonica | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Enzyme / Complex / Mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhuge, X.L. / Yang, H.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a glutathione S-transferase SbGSTU6 from Salix babylonica in complex with glutathione 著者: Zhuge, X.L. / Yang, H.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26342.508 Da / 分子数: 1 / 変異: I55T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.49 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Magnesium acetate tetrahydrate, Sodium cacodylate trihydrate, PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→34.51 Å / Num. obs: 25535 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 32.59 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 1.89 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.06 Å / Num. unique obs: 2513 / CC1/2: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7DW2 解像度: 1.93→34.51 Å / SU ML: 0.2065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.9098 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→34.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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