+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dv8 | ||||||
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Title | The crystal structure of rice immune receptor RGA5-HMA2. | ||||||
Components | Disease resistance protein RGA5 | ||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / Immune receptor | ||||||
Function / homology | Function and homology information plant-type hypersensitive response / innate immune response-activating signaling pathway / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.447 Å | ||||||
Authors | Zhang, X. / Liu, J.F. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2021 Title: A designer rice NLR immune receptor confers resistance to the rice blast fungus carrying noncorresponding avirulence effectors. Authors: Liu, Y. / Zhang, X. / Yuan, G. / Wang, D. / Zheng, Y. / Ma, M. / Guo, L. / Bhadauria, V. / Peng, Y.L. / Liu, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dv8.cif.gz | 398.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dv8.ent.gz | 337.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dv8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dv8_validation.pdf.gz | 506.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7dv8_full_validation.pdf.gz | 522.3 KB | Display | |
Data in XML | 7dv8_validation.xml.gz | 34.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7dv8_validation.cif.gz | 49 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dv8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5zneS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 7908.507 Da / Num. of mol.: 14 / Mutation: G1009D, S1027V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) Gene: RGA5 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: F7J0N2 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.09 Å3/Da / Density % sol: 75.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / Details: PEG 3350, ammonium nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 29, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→44 Å / Num. obs: 79835 / % possible obs: 96.78 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 62.03 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 29.41 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.53 Å / Num. unique obs: 4041 / CC1/2: 0.99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ZNE Resolution: 2.447→43.994 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 176.14 Å2 / Biso mean: 86.4765 Å2 / Biso min: 45.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.447→43.994 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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