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- PDB-7du9: Crystal structure of human Proto-oncogene tyrosine-protein kinase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7du9
タイトルCrystal structure of human Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret in complex with Pralsetinib
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードTRANSFERASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud ...Peyer's patch morphogenesis / positive regulation of metanephric glomerulus development / posterior midgut development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / membrane protein proteolysis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / Formation of the ureteric bud / positive regulation of neuron maturation / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / neuron cell-cell adhesion / innervation / plasma membrane protein complex / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / response to pain / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / positive regulation of cell size / RET signaling / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / NPAS4 regulates expression of target genes / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / MAPK cascade / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / early endosome / receptor complex / endosome membrane / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / axon / protein phosphorylation / neuronal cell body / calcium ion binding / dendrite / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like ...Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pralsetinib / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Miyazaki, I. / Ishida, K. / Suzuki, T.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Selective RET inhibitor TAS0953/HM06
著者: Miyazaki, I. / Ishida, K. / Suzuki, T.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4844
ポリマ－71,4162
非ポリマー1,0672
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.887, 80.577, 79.866
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Cadherin family member 12 / Proto-oncogene c-Ret


分子量: 35708.234 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RET, CDHF12, CDHR16, PTC, RET51
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-Q4J / Pralsetinib / BLU-667 / trans-N-{(1S)-1-[6-(4-fluoro-1H-pyrazol-1-yl)pyridin-3-yl]ethyl}-1-methoxy-4-{4-methyl-6-[(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl}cyclohexane-1-carboxamide


分子量: 533.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32FN9O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.20 M LiCl, 0.10 M Na Acetate, pH 4.50, 2.5 M Na Formate, 5 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→78.72 Å / Num. obs: 27199 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.7 % / Rrim(I) all: 0.119 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.45
反射 シェル解像度: 2.31→2.56 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique obs: 7200 / Rrim(I) all: 0.551 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→78.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 19.659 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1185 4.4 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.2204 26013 97.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.76 Å2 / Biso mean: 39.012 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å2-0 Å20.15 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→78.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4478 0 86 172 4736
Biso mean--29.1 36.32 -
残基数----558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.9936250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.229310328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3155552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63523.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10215.107838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1561532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021056
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 85 -
Rwork0.306 1927 -
all-2012 -
obs--98.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.959-0.94970.5210.29370.12521.82040.06190.1126-0.4164-0.0552-0.00740.05060.1532-0.0128-0.05460.1635-0.02680.06640.3015-0.04280.15464.715-7.398-6.246
23.02950.1726-0.47882.08470.33962.2188-0.0025-0.0880.15780.19740.01470.0654-0.0540.006-0.01230.0829-0.00560.02780.27040.00620.01921.6334.8077.814
30.0491-0.32940.16122.8297-1.52890.91570.0293-0.03160.0054-0.1416-0.1007-0.1314-0.05250.10580.07140.2280.00470.03220.4046-0.04570.083533.5215.403-20.402
41.71750.79490.02874.07470.13872.4849-0.0334-0.01870.0528-0.2641-0.08820.29360.0337-0.1880.12160.21380.02510.02960.3131-0.05430.057121.28-2.681-34.708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A714 - 807
2X-RAY DIFFRACTION2A808 - 1011
3X-RAY DIFFRACTION3B700 - 807
4X-RAY DIFFRACTION4B808 - 1012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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