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- PDB-7du8: Crystal structure of human Proto-oncogene tyrosine-protein kinase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7du8
タイトルCrystal structure of human Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret in complex with Selpercatinib
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードTRANSFERASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / posterior midgut development / Formation of the ureteric bud / membrane protein proteolysis ...Peyer's patch morphogenesis / GDF15-GFRAL signaling pathway / positive regulation of metanephric glomerulus development / ureter maturation / embryonic epithelial tube formation / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / lymphocyte migration into lymphoid organs / posterior midgut development / Formation of the ureteric bud / membrane protein proteolysis / Formation of the nephric duct / enteric nervous system development / neuron cell-cell adhesion / plasma membrane protein complex / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neural crest cell migration / ureteric bud development / response to pain / regulation of axonogenesis / homophilic cell-cell adhesion / RET signaling / positive regulation of cell size / regulation of cell adhesion / cellular response to retinoic acid / NPAS4 regulates expression of target genes / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / receptor protein-tyrosine kinase / signaling receptor activity / MAPK cascade / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome membrane / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / axon / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / : / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / RET, Cysteine Rich Domain / Cadherin domain ...Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / : / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / RET, Cysteine Rich Domain / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Selpercatinib / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Miyazaki, I. / Ishida, K. / Suzuki, T.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Selective RET inhibitor TAS0953/HM06
著者: Miyazaki, I. / Ishida, K. / Suzuki, T.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4684
ポリマ－71,4162
非ポリマー1,0512
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.771, 80.265, 79.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret / Cadherin family member 12 / Proto-oncogene c-Ret


分子量: 35708.234 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RET, CDHF12, CDHR16, PTC, RET51
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07949, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-Q6G / Selpercatinib / 6-(2-hydroxy-2-methylpropoxy)-4-(6-{(1R,5S)-6-[(6-methoxypyridin-3-yl)methyl]-3,6-diazabicyclo[3.1.1]heptan-3-yl}pyridin-3-yl)pyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carbonitrile


分子量: 525.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.20 M LiCl, 0.10 M Na Acetate, pH 4.50, 2.5 M Na Formate, 5 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→78.79 Å / Num. obs: 15607 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.8 % / Rrim(I) all: 0.13 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 9.45
反射 シェル解像度: 2.75→3 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique obs: 3643 / Rrim(I) all: 0.544 / Rsym value: 0.446 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.75→78.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 36.776 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2771 680 4.4 %RANDOM
Rwork0.2145 ---
obs0.2171 14927 94.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.83 Å2 / Biso mean: 46.205 Å2 / Biso min: 6.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å2-0 Å21.21 Å2
2---1.13 Å2-0 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→78.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4540 0 78 58 4676
Biso mean--40.36 29.97 -
残基数----565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.9886288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.179310299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.975567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13222.67191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14815.133826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.761534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021071
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 50 -
Rwork0.307 1130 -
all-1180 -
obs--96.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7146-0.25632.57180.63460.28161.75320.08070.2088-0.4272-0.14990.1103-0.0474-0.03890.1616-0.19110.18880.00620.10160.0621-0.06220.20364.433-7.334-6.462
23.99960.0989-0.62521.96130.4312.1838-0.0442-0.03550.13460.1501-0.0059-0.0185-0.04530.02960.05010.1391-0.01480.03560.0067-0.00260.023221.1854.7187.867
30.1152-0.58240.29073.3374-1.70112.5388-0.0105-0.01480.013-0.0846-0.1451-0.2237-0.02390.00860.15550.15290.01680.11130.2043-0.00150.170533.7815.296-20.261
42.48291.5118-0.24494.61720.44033.5205-0.06130.0068-0.007-0.2841-0.12870.43850.0296-0.30390.190.18030.01820.02320.1145-0.05530.086720.764-2.046-34.911
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A714 - 807
2X-RAY DIFFRACTION2A808 - 1012
3X-RAY DIFFRACTION3B700 - 807
4X-RAY DIFFRACTION4B808 - 1012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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