PDB-7dsu: Structure of Mod subunit of the Type III restriction-modification...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dsu

タイトル

Structure of Mod subunit of the Type III restriction-modification enzyme Mbo45V

要素

Mbo45V

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Methyltransferase / Type III restriction-modification enzyme / sinefungin / Beta-class of AdoMet-dependent methyltransferase

機能・相同性

SINEFUNGIN

機能・相同性情報

生物種

Mycoplasma bovis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Ahmed, I. / Chouhan, O.P. / Gopinath, A. / Morgan, R.D. / Bhagat, K. / Singh, A. / Saikrishnan, K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Mod subunit of the Type III restriction-modification enzyme Mbo45V
著者: Ahmed, I. / Chouhan, O.P. / Gopinath, A. / Morgan, R.D. / Bhagat, K. / Singh, A. / Saikrishnan, K.

履歴

登録	2021年1月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / entity / struct Item: _citation.title / _entity.pdbx_description / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dsu.cif.gz	338.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dsu.ent.gz	276.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7dsu_validation.pdf.gz	929.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dsu_full_validation.pdf.gz	955.2 KB	表示
XML形式データ	7dsu_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	7dsu_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7dsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7dsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6d56-d 6bvl-d 5wfq-d 1nvv-d 4nyj-d 6cuo-d 6p9o-d 6d5g-d 4e0j-1 6d5v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mbo45V

B: Mbo45V

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.296, 100.875, 187.316
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mbo45V 分子量: 66413.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycoplasma bovis (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 11% PEG 3350, 0.1 M proline, 0.1 M Na-Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97887 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→48.703 Å / Num. obs: 60724 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / R_merge(I) obs: 1.102 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4374

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.2→48.703 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2853	2687	4.7 %
R_work	0.2261	-	-
obs	0.2288	57159	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6287	0	4	3	6294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.652	8710
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.237	3800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2001-3.2582	0.3255	153	0.3096	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2582-3.3209	0.3196	171	0.283	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3209-3.3887	0.2778	145	0.2544	2895	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3887-3.4623	0.2905	142	0.2569	2810	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4623-3.5428	0.3069	168	0.2533	2851	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5428-3.6314	0.2691	154	0.2598	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6314-3.7296	0.3038	174	0.2515	2843	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7296-3.8393	0.316	167	0.2537	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8393-3.9631	0.3098	134	0.2433	2913	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9631-4.1047	0.2913	124	0.2353	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1047-4.269	0.2521	139	0.2205	2861	X-RAY DIFFRACTION	99
4.269-4.4631	0.2829	97	0.1996	2940	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4631-4.6983	0.2691	105	0.1921	2874	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6983-4.9923	0.1895	118	0.19	2895	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9923-5.3774	0.2553	138	0.2023	2874	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3774-5.9177	0.2623	123	0.2252	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9177-6.772	0.301	152	0.2343	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
6.772-8.5246	0.2323	117	0.2199	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5246-48.703	0.3386	166	0.2328	2835	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0136	0.0188	-0.0165	0.1793	0.047	0.0616	-0.4383	0.991	0.7585	-0.6119	0.5614	2.3888	-0.0628	-0.3629	-0.0408	1.8155	-0.4401	-0.1857	2.1448	-0.2176	2.2129	-37.9079	-9.515	-30.3164
2	2.5948	0.284	-0.9027	2.2655	0.4799	5.4184	-0.1396	-0.586	-0.1636	0.184	-0.0364	0.1765	0.5559	-0.5469	0.1368	0.7644	0.0166	0.1509	1.081	-0.0287	1.0546	-17.7197	13.5779	-3.8437
3	9.6819	-2.1548	-3.8714	5.005	1.9507	7.2401	-0.539	0.2896	-0.4018	0.879	0.9288	-0.4395	1.6544	0.9137	-0.0885	0.7785	0.1141	-0.1245	1.0449	-0.2163	1.0557	-1.1107	14.7121	-17.7284
4	0.1857	-0.6024	0.2339	5.7032	0.0959	4.3195	0.7151	0.4926	1.3799	-0.17	-0.1167	-0.1237	-1.8552	-0.2422	-0.1894	1.2312	0.1522	0.2369	1.0501	-0.0646	1.2207	-8.9506	35.0169	-18.3148
5	2.2688	2.152	-0.9455	2.1649	-0.5224	4.5863	-0.0243	-0.5641	0.2567	0.0619	0.0285	-0.1628	-0.1746	0.2687	0.0776	0.6996	0.0109	0.1091	1.0138	-0.2229	0.9727	-5.6809	25.4316	-4.6509
6	4.9272	4.3726	-1.4177	6.8089	-0.9175	3.9595	0.414	-0.9407	-0.2488	1.0866	-0.2551	-0.3887	-0.2558	0.7972	-0.1232	0.7829	0.1595	-0.0176	1.4741	-0.0808	0.8873	-6.553	21.0807	12.3763
7	2.3644	4.0185	1.9989	7.5353	1.2252	6.4405	0.0495	-1.1959	0.5113	0.3334	0.3181	1.2366	0.0774	-0.9426	-0.2355	1.092	-0.0382	0.2922	1.7412	0.1395	1.349	-28.602	15.7358	15.168
8	0.1188	-0.4469	-0.3374	1.6294	1.4971	2.0202	0.1276	-0.9527	-1.4149	-0.1532	0.445	0.9187	2.7814	0.272	0.7624	1.8117	-0.2562	0.0827	2.4309	0.2147	2.0937	-22.3177	-18.0629	-20.2177
9	4.8898	5.7028	5.0632	6.7319	5.9246	5.3168	0.2797	0.0761	-1.0029	-0.8177	-0.0238	-1.0834	0.6181	0.3471	0.1686	1.4369	-0.3513	0.0253	1.8315	-0.3361	1.5633	-23.4242	-8.5303	-26.26
10	3.3511	-0.392	0.3515	4.2689	1.9163	6.2976	-0.0395	0.2899	-0.1091	-0.7343	-0.2522	0.4636	0.1335	-0.7681	0.2951	0.9051	-0.0163	-0.0486	0.5917	-0.0426	0.8391	-11.2337	2.5197	-39.9869
11	1.1676	0.6136	-1.889	4.9142	1.4282	5.7279	0.0892	0.3066	0.2426	-0.9842	-0.1172	0.0229	-0.5477	-0.0406	0.0113	0.8612	0.0255	-0.0034	0.7039	-0.0205	0.8864	0.214	15.3677	-40.7393
12	4.7185	2.4781	-1.3806	3.291	0.5002	2.2493	-0.6682	0.945	-0.1084	-0.6529	0.6827	0.1486	-0.153	-0.0766	0.1832	1.4299	-0.0221	-0.1609	0.922	-0.1078	1.0253	-7.9332	-0.1883	-57.1121
13	2.3614	0.654	-0.1288	9.726	3.8058	4.6733	-0.0639	0.0438	-0.3911	-0.9576	-0.1329	-0.5596	0.1964	-0.4555	0.3634	1.2326	-0.0093	-0.2151	0.7984	0.0684	1.0772	-8.9115	-13.0365	-52.4732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 212 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 213 through 236 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 237 through 363 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 364 through 456 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 457 through 511 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 512 through 552 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 12 through 35 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 36 through 62 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 212 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 213 through 481 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 482 through 525 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 526 through 548 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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