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- PDB-7dsu: Structure of Mod subunit of the Type III restriction-modification... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dsu | ||||||
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Title | Structure of Mod subunit of the Type III restriction-modification enzyme Mbo45V | ||||||
![]() | Mbo45V | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Methyltransferase / Type III restriction-modification enzyme / sinefungin / Beta-class of AdoMet-dependent methyltransferase | ||||||
Function / homology | SINEFUNGIN![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahmed, I. / Chouhan, O.P. / Gopinath, A. / Morgan, R.D. / Bhagat, K. / Singh, A. / Saikrishnan, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of Mod subunit of the Type III restriction-modification enzyme Mbo45V Authors: Ahmed, I. / Chouhan, O.P. / Gopinath, A. / Morgan, R.D. / Bhagat, K. / Singh, A. / Saikrishnan, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 338.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 276.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 929.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 955.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 66413.078 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 11% PEG 3350, 0.1 M proline, 0.1 M Na-Hepes pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / Detector: PIXEL / Date: Sep 30, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97887 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→48.703 Å / Num. obs: 60724 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 12.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 1.102 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4374 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→48.703 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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